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7 commits
| Author | SHA1 | Date | |
|---|---|---|---|
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efd354baf1 | ||
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8663962fcf | ||
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02608cf25a | ||
|
|
b08f9320db | ||
| f6c3a71f6d | |||
| d611aff543 | |||
| 56ec4c5abe |
486 changed files with 59808 additions and 563 deletions
113
.gitignore
vendored
113
.gitignore
vendored
|
|
@ -1,32 +1,115 @@
|
|||
.vscode
|
||||
bin/
|
||||
build/
|
||||
include/
|
||||
lib/
|
||||
|
||||
### C ###
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||||
# Prerequisites
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*.d
|
||||
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||||
# Compiled Object files
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||||
*.slo
|
||||
*.lo
|
||||
*.o
|
||||
*.ko
|
||||
*.elf
|
||||
*.obj
|
||||
*.slo
|
||||
|
||||
# Linker output
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||||
*.ilk
|
||||
*.map
|
||||
*.exp
|
||||
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||||
# Precompiled Headers
|
||||
*.gch
|
||||
*.pch
|
||||
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||||
# Compiled Dynamic libraries
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||||
*.so
|
||||
*.dylib
|
||||
# Libraries
|
||||
*.dll
|
||||
|
||||
# Fortran module files
|
||||
*.mod
|
||||
*.smod
|
||||
|
||||
# Compiled Static libraries
|
||||
*.lai
|
||||
*.la
|
||||
*.a
|
||||
*.so
|
||||
*.so.*
|
||||
*.dylib
|
||||
*.lib
|
||||
*.a
|
||||
*.la
|
||||
*.lo
|
||||
*.lai
|
||||
|
||||
# Executables
|
||||
*.exe
|
||||
*.out
|
||||
*.out # output files
|
||||
*.app
|
||||
*.i*86
|
||||
*.x86_64
|
||||
*.hex
|
||||
|
||||
# Debug files
|
||||
*.dSYM/
|
||||
*.su
|
||||
*.idb
|
||||
*.pdb
|
||||
|
||||
# Kernel Module Compile Results
|
||||
*.mod*
|
||||
*.smod
|
||||
*.cmd
|
||||
.tmp_versions/
|
||||
modules.order
|
||||
Module.symvers
|
||||
Mkfile.old
|
||||
dkms.conf
|
||||
|
||||
### CUDA ###
|
||||
*.i
|
||||
*.ii
|
||||
*.gpu
|
||||
*.ptx
|
||||
*.cubin
|
||||
*.fatbin
|
||||
|
||||
### Linux ###
|
||||
*~
|
||||
|
||||
### VS Code ###
|
||||
.vscode
|
||||
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||||
# temporary files which can be created if a process still has a handle open of a deleted file
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||||
.fuse_hidden*
|
||||
|
||||
# KDE directory preferences
|
||||
.directory
|
||||
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||||
# Linux trash folder which might appear on any partition or disk
|
||||
.Trash-*
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||||
|
||||
# .nfs files are created when an open file is removed but is still being accessed
|
||||
.nfs*
|
||||
|
||||
### Windows ###
|
||||
# Windows thumbnail cache files
|
||||
Thumbs.db
|
||||
ehthumbs.db
|
||||
ehthumbs_vista.db
|
||||
|
||||
# Folder config file
|
||||
Desktop.ini
|
||||
.DS_Store
|
||||
|
||||
# Recycle Bin used on file shares
|
||||
$RECYCLE.BIN/
|
||||
|
||||
# Windows Installer files
|
||||
*.cab
|
||||
*.msi
|
||||
*.msm
|
||||
*.msp
|
||||
|
||||
# Windows shortcuts
|
||||
*.lnk
|
||||
|
||||
# End of https://www.gitignore.io/api/c,cuda,linux,windows
|
||||
|
||||
# debris created in nwchem compilations
|
||||
include_stamp
|
||||
dependencies
|
||||
# End of debris created in nwchem compilations
|
||||
|
|
|
|||
40
Makefile
Normal file
40
Makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,40 @@
|
|||
CC = gcc
|
||||
CXX = g++
|
||||
|
||||
MPICC = mpicc
|
||||
MPICXX = mpicxx
|
||||
|
||||
NWCHEM_TOP = $(shell pwd)
|
||||
|
||||
SRC = $(NWCHEM_TOP)/src
|
||||
BIN = $(NWCHEM_TOP)/bin
|
||||
BUILD = $(NWCHEM_TOP)/build
|
||||
|
||||
LIB_DEFINES = -DCOMPILATION_DATE="'`date +%a_%b_%d_%H:%M:%S_%Y`'" \
|
||||
-DCOMPILATION_DIR="'$(TOPDIR)'" \
|
||||
-DNWCHEM_BRANCH="'$(CODE_BRANCH)'"
|
||||
|
||||
CFLAGS=-c -Wall
|
||||
LDFLAGS=
|
||||
|
||||
export
|
||||
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||||
TARGETS=nwchem
|
||||
|
||||
#TARGETS := $(addprefix $(BIN)/, $(TARGETS))
|
||||
|
||||
.PHONY: all clean
|
||||
|
||||
all: $(TARGETS)
|
||||
|
||||
nwchem:
|
||||
$(MAKE) -C $(SRC)
|
||||
|
||||
clean:
|
||||
rm $(BIN)/$(TARGETS)
|
||||
rm $(BUILD)/*.o
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||||
|
||||
dist-clean: clean
|
||||
rmdir $(BIN)
|
||||
rmdir $(BUILD)
|
||||
|
||||
16
src/Makefile
Normal file
16
src/Makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,16 @@
|
|||
|
||||
SOURCES=
|
||||
LIBRARIES=
|
||||
|
||||
libs: $(LIBRARY_PATH)
|
||||
@mkdir -p $(LIB)
|
||||
|
||||
$(BIN)/nwchem: $(BUILD)/nwchem.o libs
|
||||
@mkdir -p $(@D)
|
||||
$(MPICC) $(LDFLAGS) $^ -o $@
|
||||
|
||||
$(BUILD)/%.o: $(SRC)/%.c
|
||||
@mkdir -p $(@D)
|
||||
$(MPICC) $(CFLAGS) -I$(SRC) -c $< -o $@
|
||||
|
||||
|
||||
71
src/basis/getlibr.py
Normal file → Executable file
71
src/basis/getlibr.py
Normal file → Executable file
|
|
@ -1,26 +1,35 @@
|
|||
#!/usr/bin/env python3
|
||||
#!/usr/bin/python3
|
||||
# This script downloads the basis set library data from www.basissetexchange.org
|
||||
# into the directory $NWCHEM_TOP/src/basis/libraries.bse
|
||||
# to use, set the env. variable NWCHEM_BASIS_LIBRARY=$NWCHEM_TOP/src/basis/libraries.bse/
|
||||
# To run, cd $NWCHEM_TOP/src/basis/libraries.bse/ && ../getlibr.py
|
||||
# this will update the content of $NWCHEM_TOP/src/basis/libraries.bse
|
||||
# To use the updates library, set the env. variable NWCHEM_BASIS_LIBRARY=$NWCHEM_TOP/src/basis/libraries.bse/
|
||||
# Requires the installation of the python env. from
|
||||
# https://github.com/MolSSI-BSE/basis_set_exchange
|
||||
# e.g. python3 -m pip install --user basis_set_exchange
|
||||
# See https://molssi-bse.github.io/basis_set_exchange/
|
||||
#
|
||||
# names changed
|
||||
# def2-universal-jfit was weigend_coulomb_fitting
|
||||
# dgauss-a1-dftjfit was dgauss_a1_dft_coulomb_fitting
|
||||
# dgauss-a2-dftjfit was dgauss_a2_dft_coulomb_fitting
|
||||
#
|
||||
|
||||
import basis_set_exchange as bse
|
||||
from datetime import datetime
|
||||
today = datetime.now().isoformat(timespec='minutes')
|
||||
print(today)
|
||||
all_bs = bse.get_all_basis_names()
|
||||
md = bse.get_metadata()
|
||||
for bas_name in all_bs:
|
||||
#get version and list of elements
|
||||
version_bs = md[bas_name]['latest_version']
|
||||
elements_list = md[bas_name]['versions'][version_bs]['elements']
|
||||
summary_file = open('summary.txt','w')
|
||||
|
||||
def writebs(md, bas_name, summary_file, get_aux=0):
|
||||
md_bas_name = bas_name.lower()
|
||||
md_bas_name = md_bas_name.replace("*","_st_")
|
||||
md_bas_name = md_bas_name.replace("/","_sl_")
|
||||
print(' md_bas_name '+md_bas_name+"\n")
|
||||
print(' bas_name '+bas_name+"\n")
|
||||
version_bs = md[md_bas_name]['latest_version']
|
||||
elements_list = md[md_bas_name]['versions'][version_bs]['elements']
|
||||
#open file
|
||||
# get rid of asterisks
|
||||
file_name = bas_name.replace("*","s")
|
||||
|
|
@ -33,19 +42,38 @@ for bas_name in all_bs:
|
|||
file_name = file_name.replace(" ","_")
|
||||
#replace forward slash with underscore
|
||||
file_name = file_name.replace("/","_")
|
||||
#lowercase
|
||||
file_name = file_name.lower()
|
||||
if get_aux==1:
|
||||
file_name = file_name + "-autoaux"
|
||||
print(' file name is '+file_name+"\n")
|
||||
output_file = open(file_name,'w')
|
||||
output_file.write('# BSE Version '+bse.version()+'\n')
|
||||
output_file.write('# Data downloaded at '+today+'\n')
|
||||
output_file.write('# '+bas_name+' version number '+version_bs+'\n')
|
||||
output_file.write('# Description: '+md[bas_name]['description']+'\n')
|
||||
output_file.write('# Role: '+md[bas_name]['role']+'\n')
|
||||
output_file.write('# '+bse.get_references(bas_name,fmt='txt').replace('\n','\n# '))
|
||||
output_file.write('# \n')
|
||||
output_file.write('# Data downloaded on '+today+'\n')
|
||||
|
||||
if get_aux==0:
|
||||
output_file.write('# '+bas_name+' version number '+version_bs+'\n')
|
||||
output_file.write('# Description: '+md[md_bas_name]['description']+'\n')
|
||||
output_file.write('# Role: '+md[md_bas_name]['role']+'\n')
|
||||
output_file.write('# '+bse.get_references(bas_name,fmt='txt').replace('\n','\n# '))
|
||||
output_file.write('# \n')
|
||||
elif get_aux==1:
|
||||
output_file.write('# '+bas_name+' version number '+version_bs+' AutoAux \n')
|
||||
output_file.write('# Role: JK Fitting \n')
|
||||
output_file.write('# Stoychev GL, Auer AA, Neese F. \n# Automatic Generation of Auxiliary Basis Sets.\n# J Chem Theory Comput. 2017 Feb 14;13(2):554-562.\n# doi: 10.1021/acs.jctc.6b01041.\n')
|
||||
output_file.write('# \n')
|
||||
|
||||
n_elements=0
|
||||
for element in elements_list:
|
||||
n_elements = n_elements + 1
|
||||
if get_aux==1:
|
||||
summary_file.write('Basis set \"'+bas_name+'-autoaux\" (number of atoms '+str(n_elements)+')\n')
|
||||
else:
|
||||
summary_file.write('Basis set \"'+bas_name+'\" (number of atoms '+str(n_elements)+')\n')
|
||||
for element in elements_list:
|
||||
#element='h'
|
||||
try:
|
||||
bs_str=bse.get_basis(bas_name, header=False, elements=element, fmt='nwchem', optimize_general=True, uncontract_general=True)
|
||||
bs_str=bse.get_basis(bas_name, header=False, elements=element, fmt='nwchem', optimize_general=True, uncontract_general=True, get_aux=get_aux)
|
||||
except:
|
||||
# print("failed for"+element)
|
||||
pass
|
||||
|
|
@ -54,11 +82,22 @@ for bas_name in all_bs:
|
|||
bs_str=bs_str.replace("END","end")
|
||||
bs_str=bs_str.replace("PRINT","")
|
||||
element_str=bse.misc.compact_elements([element])
|
||||
bs_str=bs_str.replace("ao basis",element_str+"_"+bas_name)
|
||||
if get_aux==1:
|
||||
bs_str=bs_str.replace("ao basis",element_str+"_"+bas_name+"-autoaux")
|
||||
else:
|
||||
bs_str=bs_str.replace("ao basis",element_str+"_"+bas_name)
|
||||
#ECP
|
||||
bs_str=bs_str.replace("ECP","ecp \""+element_str+"_"+bas_name+"\"")
|
||||
output_file.write(bs_str)
|
||||
#
|
||||
print(bas_name+" "+element_str)
|
||||
print("end")
|
||||
return
|
||||
|
||||
for bas_name in all_bs:
|
||||
md_bas_name = bas_name.lower()
|
||||
md_bas_name = md_bas_name.replace("*","_st_")
|
||||
md_bas_name = md_bas_name.replace("/","_sl_")
|
||||
writebs(md, bas_name, summary_file)
|
||||
if md[md_bas_name]['role'] == 'orbital':
|
||||
writebs(md, bas_name, summary_file, get_aux=1)
|
||||
print("end")
|
||||
45
src/data/amber_q/ABE.frg
Normal file
45
src/data/amber_q/ABE.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,45 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
#
|
||||
$ABE
|
||||
20 1 1 0
|
||||
ABE
|
||||
1 C1 AC 3 0 0 1 1 -0.252626 0.000000
|
||||
2 H1 H2 0 0 0 1 1 0.216755 0.000000
|
||||
3 C2 CT 0 0 0 1 1 0.277475 0.000000
|
||||
4 H2 H1 0 0 0 1 1 0.092812 0.000000
|
||||
5 O2 OH 0 0 0 1 1 -0.608823 0.000000
|
||||
6 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.364969 0.000000
|
||||
7 C3 CT 0 0 0 1 1 -0.146592 0.000000
|
||||
82H3 HC 0 0 0 1 1 0.073592 0.000000
|
||||
93H3 HC 0 0 0 1 1 0.073592 0.000000
|
||||
10 C4 CT 0 0 0 1 1 0.153661 0.000000
|
||||
11 H4 H1 0 0 0 1 1 0.042781 0.000000
|
||||
12 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.550610 0.000000
|
||||
13 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.362947 0.000000
|
||||
14 C5 CT 0 0 0 1 1 0.114707 0.000000
|
||||
15 H5 H1 0 0 0 1 1 0.062819 0.000000
|
||||
16 OR OS 0 0 0 1 1 -0.276948 0.000000
|
||||
17 C6 CT 0 0 0 1 1 -0.225880 0.000000
|
||||
182H6 HC 0 0 0 1 1 0.075123 0.000000
|
||||
193H6 HC 0 0 0 1 1 0.075123 0.000000
|
||||
204H6 HC 0 0 0 1 1 0.075123 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 16
|
||||
3 4
|
||||
3 5
|
||||
3 7
|
||||
5 6
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
10 11
|
||||
10 12
|
||||
10 14
|
||||
12 13
|
||||
14 15
|
||||
14 16
|
||||
14 17
|
||||
17 18
|
||||
17 19
|
||||
17 20
|
||||
23
src/data/amber_q/BNZ.frg
Normal file
23
src/data/amber_q/BNZ.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,23 @@
|
|||
# Fragment definition for benzene
|
||||
$benzene
|
||||
12 1 1 0
|
||||
benzen
|
||||
1 C1 CA 0 0 0 1 1 -0.060000 0.000000
|
||||
2 H1 HA 0 0 0 1 1 0.060000 0.000000
|
||||
3 C2 CA 0 0 0 1 1 -0.060000 0.000000
|
||||
4 H2 HA 0 0 0 1 1 0.060000 0.000000
|
||||
5 C3 CA 0 0 0 1 1 -0.060000 0.000000
|
||||
6 H3 HA 0 0 0 1 1 0.060000 0.000000
|
||||
7 C4 CA 0 0 0 1 1 -0.060000 0.000000
|
||||
8 H4 HA 0 0 0 1 1 0.060000 0.000000
|
||||
9 C5 CA 0 0 0 1 1 -0.060000 0.000000
|
||||
10 H5 HA 0 0 0 1 1 0.060000 0.000000
|
||||
11 C6 CA 0 0 0 1 1 -0.060000 0.000000
|
||||
12 H6 HA 0 0 0 1 1 0.060000 0.000000
|
||||
1 3 5 7 9 11 1
|
||||
1 2
|
||||
3 4
|
||||
5 6
|
||||
7 8
|
||||
9 10
|
||||
11 12
|
||||
28
src/data/amber_q/BTH.frg
Normal file
28
src/data/amber_q/BTH.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,28 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
#
|
||||
$BTH
|
||||
12 1 1 0
|
||||
BTH
|
||||
1 C1 CT 3 0 0 1 1 -0.021034 0.000000
|
||||
22H1 HC 0 0 0 1 1 0.010517 0.000000
|
||||
33H1 HC 0 0 0 1 1 0.010517 0.000000
|
||||
4 C2 CT 0 0 0 1 1 -0.012697 0.000000
|
||||
52H2 HC 0 0 0 1 1 0.006349 0.000000
|
||||
63H2 HC 0 0 0 1 1 0.006349 0.000000
|
||||
7 C3 CT 0 0 0 1 1 -0.024254 0.000000
|
||||
82H3 HC 0 0 0 1 1 0.012127 0.000000
|
||||
93H3 HC 0 0 0 1 1 0.012127 0.000000
|
||||
10 C4 CT 4 0 0 1 1 -0.010029 0.000000
|
||||
112H4 HC 0 0 0 1 1 0.005014 0.000000
|
||||
123H4 HC 0 0 0 1 1 0.005014 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 7
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
10 11
|
||||
10 12
|
||||
129
src/data/amber_q/BTH.sgm
Normal file
129
src/data/amber_q/BTH.sgm
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,129 @@
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|
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|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
||||
93H3 HC 0 0 0 1 1 0.003068 0.000000
|
||||
10 C4 CT 0 0 0 1 1 0.091023 0.000000
|
||||
112H4 HC 0 0 0 1 1 -0.030341 0.000000
|
||||
123H4 HC 0 0 0 1 1 -0.030341 0.000000
|
||||
134H4 HC 0 0 0 1 1 -0.030341 0.000000
|
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1 2
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1 3
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13 12 21 24 0 0 1 1
|
||||
0.000000
|
||||
1 C1 3 0 0 1 1
|
||||
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|
||||
22H1 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
33H1 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
4 C2 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.100000 0.000000
|
||||
52H2 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
63H2 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
7 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.100000 0.000000
|
||||
82H3 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
93H3 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
10 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.150000 0.000000
|
||||
112H4 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
123H4 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
134H4 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 7 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 7 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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9 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 1 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 1 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 1 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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8 5 4 7 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 6 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 4 7 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 4 7 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 4 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 8 7 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 8 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 9 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 7 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 7 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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18 7 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 11 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 11 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 12 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 4 5 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 2 1 4 7 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 3 1 4 5 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 3 1 4 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 3 1 4 7 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 1 4 7 8 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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8 1 4 7 9 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 1 4 7 10 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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10 5 4 7 8 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 5 4 7 9 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 5 4 7 10 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 6 4 7 9 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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15 6 4 7 10 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 4 7 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 4 7 10 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 4 7 10 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 8 7 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 8 7 10 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 8 7 10 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 9 7 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 9 7 10 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 9 7 10 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
5
src/data/amber_q/CA.frg
Normal file
5
src/data/amber_q/CA.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,5 @@
|
|||
# Fragment definition for Calcium cation
|
||||
$CA
|
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1 1 1 0
|
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CA
|
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1CA Ca 0 0 0 1 1 2.000000 0.000000
|
||||
13
src/data/amber_q/CTR.frg
Normal file
13
src/data/amber_q/CTR.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,13 @@
|
|||
# C-terminal cap fragment
|
||||
#
|
||||
$CTR
|
||||
6 1 1 0
|
||||
CTR
|
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1 C1 CT 0 0 0 1 1 -0.150000 0.000000
|
||||
22H1 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
33H1 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
44H1 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
5 N N 3 0 0 1 1 -0.415700 0.000000
|
||||
6 H H 0 0 0 1 1 0.415700 0.000000
|
||||
2 1 5 6
|
||||
3 1 4
|
||||
7
src/data/amber_q/Ca.sgm
Normal file
7
src/data/amber_q/Ca.sgm
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,7 @@
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|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
|
||||
4.600000
|
||||
1 0 0 0 0 0 1 1
|
||||
0.000000
|
||||
1Ca 0 0 0 1 1
|
||||
Ca 2.000000 0.000000
|
||||
92
src/data/amber_q/DTT.frg
Normal file
92
src/data/amber_q/DTT.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,92 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$DTT
|
||||
42 1 1 0
|
||||
DTT
|
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1 N1 N* 0 6 0 1 1 -0.023900 0.000000
|
||||
2 C2 C 0 6 0 1 1 0.567700 0.000000
|
||||
3 N3 NA 0 6 0 1 1 -0.434000 0.000000
|
||||
4 H3 H 0 0 0 1 1 0.342000 0.000000
|
||||
5 C4 C 0 6 0 1 1 0.519400 0.000000
|
||||
6 C5 CM 0 6 0 1 1 0.002500 0.000000
|
||||
7 C5M CT 0 0 0 1 1 -0.226900 0.000000
|
||||
82H5M HC 0 0 0 1 1 0.077000 0.000000
|
||||
93H5M HC 0 0 0 1 1 0.077000 0.000000
|
||||
104H5M HC 0 0 0 1 1 0.077000 0.000000
|
||||
11 C6 CM 0 6 0 1 1 -0.220900 0.000000
|
||||
122H6 H4 0 0 0 1 1 0.260700 0.000000
|
||||
13 O2 O 0 0 0 1 1 -0.588100 0.000000
|
||||
14 O4 O 0 0 0 1 1 -0.556300 0.000000
|
||||
15 C1* CT 0 0 0 1 1 0.068000 0.000000
|
||||
162H1* H2 0 0 0 1 1 0.180400 0.000000
|
||||
17 C2* CT 0 0 0 1 1 -0.085400 0.000000
|
||||
182H2* HC 0 0 0 1 1 0.071800 0.000000
|
||||
193H2* HC 0 0 0 1 1 0.071800 0.000000
|
||||
20 C3* CT 0 0 0 1 1 0.071300 0.000000
|
||||
212H3* H1 0 0 0 1 1 0.098500 0.000000
|
||||
22 O3* OH 0 0 0 1 1 -0.654900 0.000000
|
||||
233H3* HO 0 0 0 1 1 0.439600 0.000000
|
||||
24 C4* CT 0 0 0 1 1 0.162900 0.000000
|
||||
252H4* H1 0 0 0 1 1 0.117600 0.000000
|
||||
26 O4* OS 0 0 0 1 1 -0.369100 0.000000
|
||||
27 C5* CT 0 0 0 1 1 -0.006900 0.000000
|
||||
282H5* H1 0 0 0 1 1 0.075400 0.000000
|
||||
293H5* H1 0 0 0 1 1 0.075400 0.000000
|
||||
30 O5* OS 0 0 0 1 1 -0.495400 0.000000
|
||||
31 PA P 0 0 0 1 1 1.145727 0.000000
|
||||
32 O1A O2 0 0 0 1 1 -0.721001 0.000000
|
||||
33 O2A O2 0 0 0 1 1 -0.721001 0.000000
|
||||
34 O3A OS 0 0 0 1 1 -0.390741 0.000000
|
||||
35 PB P 0 0 0 1 1 1.240313 0.000000
|
||||
36 O1B O2 0 0 0 1 1 -0.765956 0.000000
|
||||
37 O2B O2 0 0 0 1 1 -0.765956 0.000000
|
||||
38 O3B OS 0 0 0 1 1 -0.769623 0.000000
|
||||
39 PG P 0 0 0 1 1 1.164170 0.000000
|
||||
40 O1G O2 0 0 0 1 1 -0.907458 0.000000
|
||||
41 O2G O2 0 0 0 1 1 -0.907458 0.000000
|
||||
42 O3G O2 0 0 0 1 1 -0.907458 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 11
|
||||
1 15
|
||||
2 3
|
||||
2 13
|
||||
3 4
|
||||
3 5
|
||||
5 6
|
||||
5 14
|
||||
6 7
|
||||
6 11
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
11 12
|
||||
15 16
|
||||
15 17
|
||||
15 26
|
||||
17 18
|
||||
17 19
|
||||
17 20
|
||||
20 21
|
||||
20 22
|
||||
20 24
|
||||
22 23
|
||||
24 25
|
||||
24 26
|
||||
24 27
|
||||
27 28
|
||||
27 29
|
||||
27 30
|
||||
30 31
|
||||
31 32
|
||||
31 33
|
||||
31 34
|
||||
34 35
|
||||
35 36
|
||||
35 37
|
||||
35 38
|
||||
38 39
|
||||
39 40
|
||||
39 41
|
||||
39 42
|
||||
24
src/data/amber_q/EAM.frg
Normal file
24
src/data/amber_q/EAM.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,24 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
#
|
||||
$EAM
|
||||
10 1 1 0
|
||||
EAM
|
||||
1 C1 CT 3 0 0 1 1 -0.064862 0.000000
|
||||
22H1 H1 0 0 0 1 1 0.086747 0.000000
|
||||
33H1 H1 0 0 0 1 1 0.086747 0.000000
|
||||
4 C2 CT 0 0 0 1 1 0.188179 0.000000
|
||||
52H2 HP 0 0 0 1 1 0.044255 0.000000
|
||||
63H2 HP 0 0 0 1 1 0.044255 0.000000
|
||||
7 N3 N3 0 0 0 1 1 -0.202182 0.000000
|
||||
82H3 H 0 0 0 1 1 0.272287 0.000000
|
||||
93H3 H 0 0 0 1 1 0.272287 0.000000
|
||||
104H3 H 0 0 0 1 1 0.272287 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 7
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
339
src/data/amber_q/FUC.sgm
Normal file
339
src/data/amber_q/FUC.sgm
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,339 @@
|
|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
|
||||
4.600000
|
||||
26 26 47 66 2 0 1 1
|
||||
0.000000
|
||||
1 C1 3 0 0 1 1
|
||||
EC -0.369000 40.000000
|
||||
2 H1 0 0 0 1 1
|
||||
H2 0.220660 40.000000
|
||||
3 OR 0 0 0 1 1
|
||||
OS 0.030570 90.000000
|
||||
4 C2 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.015000 0.000000
|
||||
5 H2 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.193480 60.000000
|
||||
6 N1 0 1 0 1 1
|
||||
N -0.327260 70.000000
|
||||
7 HN1 0 0 0 1 1
|
||||
H 0.281180 0.000000
|
||||
8 C21 0 1 0 1 1
|
||||
C 0.522110 60.000000
|
||||
9 O21 0 0 0 1 1
|
||||
O -0.618400 50.000000
|
||||
10 C22 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.185560 0.000000
|
||||
112H22 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.061850 30.000000
|
||||
123H22 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.061850 30.000000
|
||||
134H22 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.061850 30.000000
|
||||
14 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.064040 70.000000
|
||||
15 H3 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.197770 10.000000
|
||||
16 O3 4 0 0 1 1
|
||||
OS -0.139340 60.000000
|
||||
17 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.089130 80.000000
|
||||
18 H4 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.087350 80.000000
|
||||
19 O4 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.574490 90.000000
|
||||
20 HO4 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.371410 50.000000
|
||||
21 C5 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.055220 20.000000
|
||||
22 H5 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.028670 0.000000
|
||||
23 C6 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.184120 10.000000
|
||||
242H6 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.061370 40.000000
|
||||
253H6 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.061370 40.000000
|
||||
264H6 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.061370 40.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 3 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 4 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 6 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 6 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 14 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 14 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 14 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 17 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 17 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 17 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 21 22 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 21 23 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 23 24 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
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|
||||
26 23 26 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 1 3 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 1 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 1 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 5 4 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 6 4 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 4 6 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 4 6 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 7 6 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 6 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 6 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 9 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 8 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 11 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
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|
||||
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|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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42 15 14 17 21 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
53 18 17 21 22 0 0
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# This is an automatically generated fragment file
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G31
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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18 17 19
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33
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# This is an automatically generated fragment file
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$G61
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21 1 1 0
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G61
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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203H6 H1 0 0 0 1 1 0.017280 0.000000
|
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21 O6 OG 4 0 0 1 1 -0.214611 0.000000
|
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1 3 7 11 15 17 1
|
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2 1
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4 3 5 6
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8 7 9 10
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32
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32
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G64
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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10 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.294383 0.000000
|
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11 C4 CT 0 0 0 1 1 0.481763 0.000000
|
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12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.130413 0.000000
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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193H6 H1 0 0 0 1 1 -0.005751 0.000000
|
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20 O6 OG 5 0 0 1 1 -0.134546 0.000000
|
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1 3 7 11 14 16 1
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2 1
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4 3 5 6
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8 7 9 10
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12 11 13
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15 14 17 20
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18 17 19
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49
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49
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# This is an automatically generated fragment file
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$GA1
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GA1
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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10 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.637433 0.000000
|
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11 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.411140 0.000000
|
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12 C4 CT 0 0 0 1 1 0.026886 0.000000
|
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|
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14 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.641959 0.000000
|
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15 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.420772 0.000000
|
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|
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17 H5 H1 0 0 0 1 1 0.095612 0.000000
|
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18 C6 CT 0 0 0 1 1 0.062660 0.000000
|
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192H6 H1 0 0 0 1 1 0.077289 0.000000
|
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203H6 H1 0 0 0 1 1 0.077289 0.000000
|
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21 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.677054 0.000000
|
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22 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.434974 0.000000
|
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1 2
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1 3
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3 16
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4 6
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8 12
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|
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18 21
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# This is an automatically generated fragment file
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GA2
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|
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|
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5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.135805 0.000000
|
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|
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|
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8 H3 H1 0 0 0 1 1 0.187600 0.000000
|
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|
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10 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.440276 0.000000
|
||||
11 C4 CT 0 0 0 1 1 0.068168 0.000000
|
||||
12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.135844 0.000000
|
||||
13 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.642604 0.000000
|
||||
14 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.411897 0.000000
|
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15 C5 CT 0 0 0 1 1 0.012908 0.000000
|
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16 H5 H1 0 0 0 1 1 0.129065 0.000000
|
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17 C6 CT 0 0 0 1 1 0.269049 0.000000
|
||||
182H6 H1 0 0 0 1 1 0.039234 0.000000
|
||||
193H6 H1 0 0 0 1 1 0.039234 0.000000
|
||||
20 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.708152 0.000000
|
||||
21 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.408503 0.000000
|
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1 2
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1 3
|
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1 4
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3 15
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4 5
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4 6
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4 7
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7 8
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7 9
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7 11
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9 10
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11 12
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11 13
|
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11 15
|
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13 14
|
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15 16
|
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15 17
|
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17 18
|
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17 19
|
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17 20
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20 21
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65
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Normal file
65
src/data/amber_q/GA3.frg
Normal file
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@ -0,0 +1,65 @@
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# This is an automatically generated fragment file
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# Atom types and connectivity were derived from coordinates
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# Atomic partial charges are crude guestimations
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#
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$GA3
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29 1 1 0
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GA3
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|
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2 H1 H2 0 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
3 OR OS 0 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
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4 C2 CT 0 0 0 1 1 0.020000 0.000000
|
||||
5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
6 C3 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
7 H3 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
8 O3 OG 4 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
9 C4 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
10 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
11 O4 OG 5 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
12 C5 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
13 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
14 C6 CT 0 0 0 1 1 0.200000 0.000000
|
||||
152H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
163H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
17 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
18 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
19 N N 0 0 0 1 1 -0.410000 0.000000
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
253HB 0 0 0 1 1
|
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HC 0.100000 0.000000
|
||||
264HB 0 0 0 1 1
|
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HC 0.100000 0.000000
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GAO
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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22 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.739757 0.000000
|
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23 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.410000 0.000000
|
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|
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|
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|
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|
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|
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20 19 21
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GC1
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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10 O3 OS 5 0 0 1 1 -0.183535 0.000000
|
||||
11 C4 CT 0 0 0 1 1 0.099460 0.000000
|
||||
12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.152421 0.000000
|
||||
13 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.675942 0.000000
|
||||
14 HO HO 0 0 0 1 1 0.461259 0.000000
|
||||
15 C5 CT 0 0 0 1 1 0.105993 0.000000
|
||||
16 H5 H1 0 0 0 1 1 -0.010713 0.000000
|
||||
17 C6 CT 0 0 0 1 1 0.149829 0.000000
|
||||
182H6 H1 0 0 0 1 1 0.054121 0.000000
|
||||
193H6 H1 0 0 0 1 1 0.054121 0.000000
|
||||
20 O6 OG 6 0 0 1 1 -0.198907 0.000000
|
||||
1 2
|
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1 15
|
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2 3
|
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2 4
|
||||
4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 8
|
||||
6 7
|
||||
8 9
|
||||
8 10
|
||||
8 11
|
||||
11 12
|
||||
11 13
|
||||
11 15
|
||||
13 14
|
||||
15 16
|
||||
15 17
|
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17 18
|
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17 19
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17 20
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41
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$GC2
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18 1 1 0
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GC2
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|
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2 H1 H2 0 0 0 1 1 0.163584 0.000000
|
||||
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|
||||
4 C5 CT 0 0 0 1 1 -0.029468 0.000000
|
||||
5 H5 H1 0 0 0 1 1 0.155377 0.000000
|
||||
6 C6 CT 0 0 0 1 1 -0.048733 0.000000
|
||||
72H6 H1 0 0 0 1 1 0.172392 0.000000
|
||||
83H6 H1 0 0 0 1 1 0.172392 0.000000
|
||||
9 O6 OG 4 0 0 1 1 -0.319684 0.000000
|
||||
10 C4 CT 5 0 0 1 1 -0.205854 0.000000
|
||||
11 H4 H1 0 0 0 1 1 0.232203 0.000000
|
||||
12 C3 CT 0 0 0 1 1 0.142364 0.000000
|
||||
13 H3 H1 0 0 0 1 1 0.127683 0.000000
|
||||
14 O3 OS 6 0 0 1 1 -0.328735 0.000000
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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H1 0.085401 0.000000
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22 24
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24 25
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27 28
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GDP
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3 O2B O2 0 0 0 1 1 -0.925822 0.000000
|
||||
4 O3B O2 0 0 0 1 1 -0.925822 0.000000
|
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5 O3A OS 0 0 0 1 1 -0.343237 0.000000
|
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6 PA P 0 0 0 1 1 1.174128 0.000000
|
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|
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8 O1A O2 0 0 0 1 1 -0.855657 0.000000
|
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9 O5* OS 0 0 0 1 1 -0.499273 0.000000
|
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10 C5* CT 0 0 0 1 1 0.009374 0.000000
|
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112H5* H1 0 0 0 1 1 0.101660 0.000000
|
||||
123H5* H1 0 0 0 1 1 0.101660 0.000000
|
||||
13 C4* CT 0 0 0 1 1 0.023226 0.000000
|
||||
14 H4* H1 0 0 0 1 1 0.053000 0.000000
|
||||
15 O4* OS 0 0 0 1 1 -0.393256 0.000000
|
||||
16 C3* CT 0 0 0 1 1 0.471263 0.000000
|
||||
17 H3* H1 0 0 0 1 1 0.036811 0.000000
|
||||
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|
||||
19 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.387701 0.000000
|
||||
20 C2* CT 0 0 0 1 1 0.149357 0.000000
|
||||
21 H2* H1 0 0 0 1 1 0.138958 0.000000
|
||||
22 O2* OH 0 0 0 1 1 -0.688406 0.000000
|
||||
23 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.409882 0.000000
|
||||
24 C1* CT 0 0 0 1 1 0.117387 0.000000
|
||||
25 H1* H2 0 0 0 1 1 0.099402 0.000000
|
||||
26 N9 N* 0 5 0 1 1 -0.064859 0.000000
|
||||
27 C8 CK 0 5 0 1 1 0.240444 0.000000
|
||||
28 H8 H5 0 0 0 1 1 0.171277 0.000000
|
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|
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|
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|
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32 O6 O 0 0 0 1 1 -0.625150 0.000000
|
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33 N1 NA 0 6 0 1 1 -0.469413 0.000000
|
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|
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|
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|
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373H2 H 0 0 0 1 1 0.448190 0.000000
|
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38 N2 N2 0 1 0 1 1 -1.107937 0.000000
|
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39 N3 NC 0 6 0 1 1 -0.626702 0.000000
|
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40 C4 CB 0 11 0 1 1 0.177729 0.000000
|
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1 2
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1 3
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1 4
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1 5
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6 7
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6 8
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6 9
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9 10
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|
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|
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16 20
|
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18 19
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20 21
|
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20 22
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20 24
|
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22 23
|
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24 25
|
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24 26
|
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26 27
|
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26 40
|
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37 38
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39 40
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45
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45
src/data/amber_q/GL1.frg
Normal file
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@ -0,0 +1,45 @@
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# This is an automatically generated fragment file
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#
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$GL1
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20 1 1 0
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GL1
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1 C1 AC 3 0 0 1 1 -0.005309 0.000000
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2 H1 H2 0 0 0 1 1 0.265099 0.000000
|
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|
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4 C2 CT 0 0 0 1 1 0.121052 0.000000
|
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5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.203257 0.000000
|
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|
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|
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8 C3 CT 0 0 0 1 1 -0.001486 0.000000
|
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9 H3 H1 0 0 0 1 1 0.160825 0.000000
|
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10 O3 OG 4 0 0 1 1 -0.333535 0.000000
|
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11 C4 CT 0 0 0 1 1 0.071732 0.000000
|
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12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.107505 0.000000
|
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13 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.571075 0.000000
|
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14 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.450311 0.000000
|
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15 C5 CT 0 0 0 1 1 0.035653 0.000000
|
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16 H5 H1 0 0 0 1 1 0.086102 0.000000
|
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17 C6 CT 0 0 0 1 1 0.074859 0.000000
|
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182H6 H1 0 0 0 1 1 0.106383 0.000000
|
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193H6 H1 0 0 0 1 1 0.106383 0.000000
|
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20 O6 OG 5 0 0 1 1 -0.206298 0.000000
|
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1 2
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1 3
|
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1 4
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3 15
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4 5
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4 6
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4 8
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6 7
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8 9
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8 10
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8 11
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11 15
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13 14
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15 16
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15 17
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17 19
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17 20
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45
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45
src/data/amber_q/GL2.frg
Normal file
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@ -0,0 +1,45 @@
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# This is an automatically generated fragment file
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$GL2
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20 1 1 0
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GL2
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|
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|
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|
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4 C2 CT 0 0 0 1 1 -0.035484 0.000000
|
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5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.172160 0.000000
|
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6 O2 OG 4 0 0 1 1 -0.221659 0.000000
|
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7 C3 CT 0 0 0 1 1 0.020232 0.000000
|
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8 H3 H1 0 0 0 1 1 0.174479 0.000000
|
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|
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10 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.448165 0.000000
|
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|
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12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.148347 0.000000
|
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13 O4 OG 5 0 0 1 1 -0.154442 0.000000
|
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14 C5 CT 0 0 0 1 1 0.079364 0.000000
|
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15 H5 H1 0 0 0 1 1 0.099999 0.000000
|
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16 C6 CT 0 0 0 1 1 -0.040044 0.000000
|
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172H6 H1 0 0 0 1 1 0.115179 0.000000
|
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183H6 H1 0 0 0 1 1 0.115179 0.000000
|
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19 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.638046 0.000000
|
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20 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.443931 0.000000
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16 19
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19 20
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49
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49
src/data/amber_q/GL3.frg
Normal file
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@ -0,0 +1,49 @@
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# This is an automatically generated fragment file
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$GL3
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22 1 1 0
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GL3
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|
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|
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3 C2 CT 0 0 0 1 1 0.125803 0.000000
|
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4 H2 H1 0 0 0 1 1 0.141710 0.000000
|
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5 O2 OH 0 0 0 1 1 -0.611123 0.000000
|
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6 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.351163 0.000000
|
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7 C3 CT 0 0 0 1 1 0.260857 0.000000
|
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8 H3 H1 0 0 0 1 1 0.032562 0.000000
|
||||
9 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.666787 0.000000
|
||||
10 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.430357 0.000000
|
||||
11 C4 CT 0 0 0 1 1 0.082532 0.000000
|
||||
12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.086780 0.000000
|
||||
13 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.646332 0.000000
|
||||
14 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.431530 0.000000
|
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15 C5 CT 0 0 0 1 1 0.035447 0.000000
|
||||
16 H5 H1 0 0 0 1 1 0.134125 0.000000
|
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17 OR OS 0 0 0 1 1 -0.235957 0.000000
|
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18 C6 CT 0 0 0 1 1 0.103632 0.000000
|
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192H6 H1 0 0 0 1 1 0.074155 0.000000
|
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203H6 H1 0 0 0 1 1 0.074155 0.000000
|
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21 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.668207 0.000000
|
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22 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.435713 0.000000
|
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1 2
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1 3
|
||||
1 17
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3 4
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3 5
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3 7
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5 6
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7 8
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7 9
|
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7 11
|
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9 10
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11 12
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11 13
|
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11 15
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13 14
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15 16
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15 17
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15 18
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18 19
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18 20
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18 21
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21 22
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49
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Normal file
49
src/data/amber_q/GL4.frg
Normal file
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@ -0,0 +1,49 @@
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# This is an automatically generated fragment file
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# Atom types and connectivity were derived from coordinates
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# Atomic partial charges are crude guestimations
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$GL4
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GL4
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|
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|
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5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
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|
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|
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|
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9 H3 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
10 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
11 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
12 C4 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
13 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
14 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
15 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
16 C5 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
17 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
18 C6 CT 0 0 0 1 1 0.200000 0.000000
|
||||
192H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
203H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
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21 O6 OG 4 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
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1 2
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1 3
|
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1 4
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3 16
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4 5
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4 6
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4 8
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8 9
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8 10
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8 12
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10 11
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12 14
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12 16
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14 15
|
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16 17
|
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16 18
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18 19
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18 20
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18 21
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275
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275
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Normal file
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@ -0,0 +1,275 @@
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# This is an automatically generated segment file
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#
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0.000000
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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4 C2 0 0 0 1 1
|
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CT 0.081809 0.000000
|
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5 H2 0 0 0 1 1
|
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|
||||
6 O2 0 0 0 1 1
|
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|
||||
7 HO2 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.340524 0.000000
|
||||
8 C3 0 0 0 1 1
|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
15 HO4 0 0 0 1 1
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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52 12 16 18 20 0 0
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@ -0,0 +1,51 @@
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# Atom types and connectivity were derived from coordinates
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# Atomic partial charges are crude guestimations
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#
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$GL5
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22 1 1 0
|
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GL5
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|
||||
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|
||||
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|
||||
4 C2 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
6 O2 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
7 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
8 C3 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
9 H3 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
10 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
11 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
12 C4 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
13 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
14 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
15 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
16 C5 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
17 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
18 C6 CT 0 0 0 1 1 0.200000 0.000000
|
||||
192H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
203H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
21 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
22 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
3 16
|
||||
4 5
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@ -0,0 +1,49 @@
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# This is an automatically generated fragment file
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# Atom types and connectivity were derived from coordinates
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# Atomic partial charges are crude guestimations
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#
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$GL6
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||||
21 1 1 0
|
||||
GL6
|
||||
1 C1 EC 3 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
2 H1 H2 0 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
3 OR OS 0 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
4 C2 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
6 O2 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
7 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
8 C3 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
9 H3 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
10 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
11 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
12 C4 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
13 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
14 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
15 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
16 C5 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
17 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
18 C6 CT 0 0 0 1 1 0.200000 0.000000
|
||||
19 O6 OG 4 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
202H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
213H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
3 16
|
||||
4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 8
|
||||
6 7
|
||||
8 9
|
||||
8 10
|
||||
8 12
|
||||
10 11
|
||||
12 13
|
||||
12 14
|
||||
12 16
|
||||
14 15
|
||||
16 17
|
||||
16 18
|
||||
18 19
|
||||
18 20
|
||||
18 21
|
||||
275
src/data/amber_q/GL6.sgm
Normal file
275
src/data/amber_q/GL6.sgm
Normal file
|
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@ -0,0 +1,275 @@
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|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
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4.600000
|
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21 21 37 56 0 0 1 1
|
||||
0.000000
|
||||
1 C1 3 0 0 1 1
|
||||
EC 0.043199 0.000000
|
||||
2 H1 0 0 0 1 1
|
||||
H2 0.105035 0.000000
|
||||
3 OR 0 0 0 1 1
|
||||
OS -0.392286 0.000000
|
||||
4 C2 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.117381 0.000000
|
||||
5 H2 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.243077 0.000000
|
||||
6 O2 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.675882 0.000000
|
||||
7 HO2 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.459648 0.000000
|
||||
8 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.019740 0.000000
|
||||
9 H3 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.176308 0.000000
|
||||
10 O3 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.657083 0.000000
|
||||
11 HO3 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.372827 0.000000
|
||||
12 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.140436 0.000000
|
||||
13 H4 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.080082 0.000000
|
||||
14 O4 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.706987 0.000000
|
||||
15 HO4 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.461415 0.000000
|
||||
16 C5 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.154353 0.000000
|
||||
17 H5 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.018973 0.000000
|
||||
18 C6 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.064664 0.000000
|
||||
19 O6 4 0 0 1 1
|
||||
OG -0.168660 0.000000
|
||||
202H6 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.071880 0.000000
|
||||
213H6 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.071880 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 3 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 4 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 6 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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11 8 12 0 0
|
||||
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|
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12 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 12 13 0 0
|
||||
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|
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14 12 14 0 0
|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
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|
||||
17 16 17 0 0
|
||||
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|
||||
18 16 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 18 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 18 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 18 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 1 3 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 1 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 1 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 1 4 8 0 0
|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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41 8 12 16 18 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
42 13 12 16 3 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
43 13 12 16 17 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
45 14 12 16 3 0 0
|
||||
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|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
48 3 16 18 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
51 12 16 18 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
52 12 16 18 20 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
53 12 16 18 21 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
54 17 16 18 19 0 0
|
||||
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|
||||
55 17 16 18 20 0 0
|
||||
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|
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56 17 16 18 21 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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51
src/data/amber_q/GL7.frg
Normal file
51
src/data/amber_q/GL7.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,51 @@
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|||
# This is an automatically generated fragment file
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||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$GL7
|
||||
22 1 1 0
|
||||
GL7
|
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1 C1 AC 3 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
2 H1 H2 0 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
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|
||||
4 C2 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
6 O2 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
7 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
8 C3 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
9 H3 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
10 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
11 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
12 C4 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
13 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
14 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
15 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
16 C5 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
17 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
18 C6 CT 0 0 0 1 1 0.200000 0.000000
|
||||
192H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
203H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
21 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
22 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
3 16
|
||||
4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 8
|
||||
6 7
|
||||
8 9
|
||||
8 10
|
||||
8 12
|
||||
10 11
|
||||
12 13
|
||||
12 14
|
||||
12 16
|
||||
14 15
|
||||
16 17
|
||||
16 18
|
||||
18 19
|
||||
18 20
|
||||
18 21
|
||||
21 22
|
||||
287
src/data/amber_q/GL7.sgm
Normal file
287
src/data/amber_q/GL7.sgm
Normal file
|
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@ -0,0 +1,287 @@
|
|||
# This is an automatically generated segment file
|
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#
|
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4.600000
|
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22 22 38 59 0 0 1 1
|
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0.000000
|
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|
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AC 0.030888 0.000000
|
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2 H1 0 0 0 1 1
|
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H2 0.175753 0.000000
|
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3 OR 0 0 0 1 1
|
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OS -0.493642 0.000000
|
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4 C2 0 0 0 1 1
|
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CT 0.183712 0.000000
|
||||
5 H2 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.071613 0.000000
|
||||
6 O2 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.661663 0.000000
|
||||
7 HO2 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.439450 0.000000
|
||||
8 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.297712 0.000000
|
||||
9 H3 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.035153 0.000000
|
||||
10 O3 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.718691 0.000000
|
||||
11 HO3 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.429136 0.000000
|
||||
12 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.045111 0.000000
|
||||
13 H4 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.084908 0.000000
|
||||
14 O4 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.648695 0.000000
|
||||
15 HO4 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.421719 0.000000
|
||||
16 C5 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.126032 0.000000
|
||||
17 H5 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.130527 0.000000
|
||||
18 C6 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.258980 0.000000
|
||||
192H6 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.034407 0.000000
|
||||
203H6 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.034407 0.000000
|
||||
21 O6 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.687752 0.000000
|
||||
22 HO6 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.410935 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 3 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 4 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 6 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 8 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 12 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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14 12 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 12 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 14 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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17 16 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 16 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 18 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 18 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 18 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 21 22 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 1 3 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 1 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 1 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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7 1 4 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 5 4 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 6 4 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 4 6 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 4 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 4 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 4 8 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 9 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
||||
22 13 12 14 0 0
|
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|
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|
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0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 12 14 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 12 16 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
30 12 16 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
31 17 16 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
32 16 18 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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34 16 18 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
35 19 18 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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36 19 18 21 0 0
|
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|
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|
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0.000000 0.00000E+00
|
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38 18 21 22 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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|
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|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 2 1 4 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 2 1 4 8 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 3 1 4 5 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 3 1 4 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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8 3 1 4 8 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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9 1 3 16 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 1 3 16 17 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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11 1 3 16 18 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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12 1 4 6 7 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 5 4 6 7 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 8 4 6 7 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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15 1 4 8 9 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 1 4 8 10 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 1 4 8 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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18 5 4 8 9 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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19 5 4 8 10 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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20 5 4 8 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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21 6 4 8 9 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 6 4 8 10 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 6 4 8 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 4 8 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 9 8 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
26 12 8 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
27 4 8 12 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 4 8 12 14 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
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50 3 16 18 21 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
51 12 16 18 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
52 12 16 18 20 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
53 12 16 18 21 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
54 17 16 18 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
55 17 16 18 20 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
56 17 16 18 21 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
57 16 18 21 22 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
58 19 18 21 22 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
59 20 18 21 22 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
105
src/data/amber_q/GNP.frg
Normal file
105
src/data/amber_q/GNP.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,105 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are obtained from HF 6-31g*
|
||||
# followed by RESP charge fitting. Charges of equivalent
|
||||
# atoms are averaged
|
||||
#
|
||||
# GNP : Guanosine imido triphosphate
|
||||
#
|
||||
# Prepared by T.P.Straatsma 7/16/99
|
||||
#
|
||||
$GNP
|
||||
45 1 1 0
|
||||
GNP
|
||||
1 PG P 0 0 0 1 1 1.096457 0.000000
|
||||
2 O1G O2 0 0 0 1 1 -0.940148 0.000000
|
||||
3 O2G O2 0 0 0 1 1 -0.940148 0.000000
|
||||
4 O3G O2 0 0 0 1 1 -0.940148 0.000000
|
||||
5 N3B N 0 0 0 1 1 -0.769579 0.000000
|
||||
6 H3B H 0 0 0 1 1 0.315452 0.000000
|
||||
7 PB P 0 0 0 1 1 1.243377 0.000000
|
||||
8 O1B O2 0 0 0 1 1 -0.843182 0.000000
|
||||
9 O2B O2 0 0 0 1 1 -0.843182 0.000000
|
||||
10 O3A OS 0 0 0 1 1 -0.474613 0.000000
|
||||
11 PA P 0 0 0 1 1 1.171633 0.000000
|
||||
12 O2A O2 0 0 0 1 1 -0.843894 0.000000
|
||||
13 O1A O2 0 0 0 1 1 -0.843894 0.000000
|
||||
14 O5* OS 0 0 0 1 1 -0.451770 0.000000
|
||||
15 C5* CT 0 0 0 1 1 0.008623 0.000000
|
||||
162H5* H1 0 0 0 1 1 0.104767 0.000000
|
||||
173H5* H1 0 0 0 1 1 0.104767 0.000000
|
||||
18 C4* CT 0 0 0 1 1 -0.005814 0.000000
|
||||
19 H4* H1 0 0 0 1 1 0.061627 0.000000
|
||||
20 O4* OS 0 0 0 1 1 -0.391274 0.000000
|
||||
21 C3* CT 0 0 0 1 1 0.491472 0.000000
|
||||
22 H3* H1 0 0 0 1 1 0.024986 0.000000
|
||||
23 O3* OH 0 0 0 1 1 -0.753126 0.000000
|
||||
24 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.385926 0.000000
|
||||
25 C2* CT 0 0 0 1 1 0.152716 0.000000
|
||||
26 H2* H1 0 0 0 1 1 0.132748 0.000000
|
||||
27 O2* OH 0 0 0 1 1 -0.686327 0.000000
|
||||
28 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.404134 0.000000
|
||||
29 C1* CT 0 0 0 1 1 0.113955 0.000000
|
||||
30 H1* H2 0 0 0 1 1 0.100141 0.000000
|
||||
31 N9 N* 0 5 0 1 1 -0.068035 0.000000
|
||||
32 C8 CK 0 5 0 1 1 0.241741 0.000000
|
||||
33 H8 H5 0 0 0 1 1 0.173878 0.000000
|
||||
34 N7 NB 0 5 0 1 1 -0.572419 0.000000
|
||||
35 C5 CB 0 11 0 1 1 0.197931 0.000000
|
||||
36 C6 C 0 6 0 1 1 0.464446 0.000000
|
||||
37 O6 O 0 0 0 1 1 -0.629089 0.000000
|
||||
38 N1 NA 0 6 0 1 1 -0.474110 0.000000
|
||||
39 H1 H 0 0 0 1 1 0.320584 0.000000
|
||||
40 C2 CA 0 6 0 1 1 0.821048 0.000000
|
||||
412H2 H 0 0 0 1 1 0.446735 0.000000
|
||||
423H2 H 0 0 0 1 1 0.446735 0.000000
|
||||
43 N2 N2 0 1 0 1 1 -1.110790 0.000000
|
||||
44 N3 NC 0 6 0 1 1 -0.627045 0.000000
|
||||
45 C4 CB 0 11 0 1 1 0.182708 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
1 5
|
||||
5 6
|
||||
5 7
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
10 11
|
||||
11 12
|
||||
11 13
|
||||
11 14
|
||||
14 15
|
||||
15 16
|
||||
15 17
|
||||
15 18
|
||||
18 19
|
||||
18 20
|
||||
18 21
|
||||
20 29
|
||||
21 22
|
||||
21 23
|
||||
21 25
|
||||
23 24
|
||||
25 26
|
||||
25 27
|
||||
25 29
|
||||
27 28
|
||||
29 30
|
||||
29 31
|
||||
31 32
|
||||
31 45
|
||||
32 33
|
||||
32 34
|
||||
34 35
|
||||
35 36
|
||||
35 45
|
||||
36 37
|
||||
36 38
|
||||
38 39
|
||||
38 40
|
||||
40 43
|
||||
40 44
|
||||
41 43
|
||||
42 43
|
||||
44 45
|
||||
401
src/data/amber_q/GTL.sgm
Normal file
401
src/data/amber_q/GTL.sgm
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,401 @@
|
|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
|
||||
4.600000
|
||||
30 30 56 81 1 0 1 1
|
||||
0.000000
|
||||
1 C1 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.038921 0.000000
|
||||
22H1 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.186521 0.000000
|
||||
33H1 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.000000 0.000000
|
||||
4 OR 0 0 0 1 1
|
||||
OS -0.369500 0.000000
|
||||
5 C2 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.088495 0.000000
|
||||
6 H2 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.128159 0.000000
|
||||
7 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.003142 0.000000
|
||||
8 H3 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.070396 0.000000
|
||||
9 O3 3 0 0 1 1
|
||||
OS -0.202001 0.000000
|
||||
10 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.054364 0.000000
|
||||
11 H4 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.123615 0.000000
|
||||
12 O4 4 0 0 1 1
|
||||
OS -0.141163 0.000000
|
||||
13 C5 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.132859 0.000000
|
||||
14 H5 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.042566 0.000000
|
||||
15 C6 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.015802 0.000000
|
||||
162H6 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.084992 0.000000
|
||||
173H6 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.084992 0.000000
|
||||
18 O6 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.590914 0.000000
|
||||
19 HO6 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.367747 0.000000
|
||||
20 N 0 0 0 1 1
|
||||
N -0.492386 0.000000
|
||||
21 HN 0 0 0 1 1
|
||||
H 0.238725 0.000000
|
||||
22 CA 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.086698 0.000000
|
||||
23 HA 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.054254 0.000000
|
||||
24 CB 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.300000 0.000000
|
||||
252HB 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.100000 0.000000
|
||||
263HB 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.100000 0.000000
|
||||
274HB 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.100000 0.000000
|
||||
28 C 0 1 0 1 1
|
||||
C 0.586128 0.000000
|
||||
29 OC 0 0 0 1 1
|
||||
O2 -0.793064 0.000000
|
||||
30 O 0 0 0 1 1
|
||||
O2 -0.793064 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 1 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 5 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 5 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 5 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 7 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 7 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 13 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 15 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 15 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 18 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 20 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 20 22 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 22 23 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 22 24 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 22 28 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
26 24 25 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
27 24 26 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 24 27 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 28 29 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
30 28 30 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 2 1 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 3 1 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 1 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 1 4 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 1 5 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 1 5 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 1 5 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 6 5 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 6 5 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 7 5 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 5 7 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 5 7 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 5 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 8 7 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 8 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 9 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 7 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 7 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 7 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 11 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 11 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 12 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
26 4 13 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
27 4 13 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 4 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 10 13 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
30 10 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
31 14 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
32 13 15 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
33 13 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
34 13 15 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
35 16 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
36 16 15 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
37 17 15 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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0.000000 0.00000E+00
|
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39 5 20 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
40 5 20 22 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
41 21 20 22 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
42 20 22 23 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
43 20 22 24 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
46 23 22 28 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
47 24 22 28 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
52 25 24 27 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
53 26 24 27 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0.000000 0.00000E+00
|
||||
56 29 28 30 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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1 2 1 4 13 0 0
|
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|
||||
2 3 1 4 13 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 5 1 4 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 2 1 5 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 2 1 5 7 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 2 1 5 20 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 3 1 5 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 3 1 5 7 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 3 1 5 20 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 4 1 5 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 4 1 5 7 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 4 1 5 20 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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13 1 4 13 10 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 1 5 7 10 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 6 5 7 8 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 6 5 7 9 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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21 6 5 7 10 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 20 5 7 8 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 20 5 7 9 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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24 20 5 7 10 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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26 1 5 20 22 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 6 5 20 22 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 7 5 20 21 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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30 7 5 20 22 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
33 5 7 10 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
34 8 7 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
35 8 7 10 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
36 8 7 10 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
37 9 7 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
38 9 7 10 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
39 9 7 10 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
42 7 10 13 15 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
43 11 10 13 4 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
44 11 10 13 14 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
45 11 10 13 15 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
46 12 10 13 4 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
47 12 10 13 14 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
48 12 10 13 15 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
49 4 13 15 16 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
50 4 13 15 17 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
51 4 13 15 18 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
52 10 13 15 16 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
53 10 13 15 17 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
54 10 13 15 18 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
55 14 13 15 16 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
56 14 13 15 17 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
57 14 13 15 18 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
58 13 15 18 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
59 16 15 18 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
60 17 15 18 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
61 5 20 22 23 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
62 5 20 22 24 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
63 5 20 22 28 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
64 21 20 22 23 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
65 21 20 22 24 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
66 21 20 22 28 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
67 20 22 24 25 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
68 20 22 24 26 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
69 20 22 24 27 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
70 23 22 24 25 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
71 23 22 24 26 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
72 23 22 24 27 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
73 28 22 24 25 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
74 28 22 24 26 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
75 28 22 24 27 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
76 20 22 28 29 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
77 20 22 28 30 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
78 23 22 28 29 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
79 23 22 28 30 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
80 24 22 28 29 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
81 24 22 28 30 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 22 29 28 30 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
103
src/data/amber_q/GTP.frg
Normal file
103
src/data/amber_q/GTP.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,103 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are obtained from HF 6-31g*
|
||||
# followed by RESP charge fitting. Charges of equivalent
|
||||
# atoms are averaged
|
||||
#
|
||||
# GTP : Guanosine triphosphate
|
||||
#
|
||||
# Prepared by T.P.Straatsma 7/16/99
|
||||
#
|
||||
$GTP
|
||||
44 1 1 0
|
||||
GTP
|
||||
1 PG P 0 0 0 1 1 1.164170 0.000000
|
||||
2 O1G O2 0 0 0 1 1 -0.945487 0.000000
|
||||
3 O2G O2 0 0 0 1 1 -0.945487 0.000000
|
||||
4 O3G O2 0 0 0 1 1 -0.945487 0.000000
|
||||
5 PB P 0 0 0 1 1 1.240313 0.000000
|
||||
6 O1B O2 0 0 0 1 1 -0.832996 0.000000
|
||||
7 O2B O2 0 0 0 1 1 -0.832996 0.000000
|
||||
8 O3B OS 0 0 0 1 1 -0.563773 0.000000
|
||||
9 O3A OS 0 0 0 1 1 -0.420057 0.000000
|
||||
10 PA P 0 0 0 1 1 1.145727 0.000000
|
||||
11 O2A O2 0 0 0 1 1 -0.834828 0.000000
|
||||
12 O1A O2 0 0 0 1 1 -0.834828 0.000000
|
||||
13 O5* OS 0 0 0 1 1 -0.473116 0.000000
|
||||
14 C5* CT 0 0 0 1 1 0.012341 0.000000
|
||||
152H5* H1 0 0 0 1 1 0.107078 0.000000
|
||||
163H5* H1 0 0 0 1 1 0.107078 0.000000
|
||||
17 C4* CT 0 0 0 1 1 0.003260 0.000000
|
||||
18 H4* H1 0 0 0 1 1 0.058872 0.000000
|
||||
19 O4* OS 0 0 0 1 1 -0.395391 0.000000
|
||||
20 C3* CT 0 0 0 1 1 0.503736 0.000000
|
||||
21 H3* H1 0 0 0 1 1 0.024579 0.000000
|
||||
22 O3* OH 0 0 0 1 1 -0.757441 0.000000
|
||||
23 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.386486 0.000000
|
||||
24 C2* CT 0 0 0 1 1 0.136824 0.000000
|
||||
25 H2* H1 0 0 0 1 1 0.141068 0.000000
|
||||
26 O2* OH 0 0 0 1 1 -0.687513 0.000000
|
||||
27 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.405987 0.000000
|
||||
28 C1* CT 0 0 0 1 1 0.119399 0.000000
|
||||
29 H1* H2 0 0 0 1 1 0.098283 0.000000
|
||||
30 N9 N* 0 5 0 1 1 -0.065470 0.000000
|
||||
31 C8 CK 0 5 0 1 1 0.242292 0.000000
|
||||
32 H8 H5 0 0 0 1 1 0.173702 0.000000
|
||||
33 N7 NB 0 5 0 1 1 -0.574845 0.000000
|
||||
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|
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|
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|
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|
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42 N2 N2 0 1 0 1 1 -1.111040 0.000000
|
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43 N3 NC 0 6 0 1 1 -0.626706 0.000000
|
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1 2
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1 3
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20 21
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20 22
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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HC 0.081194 0.000000
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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HC 0.050000 0.000000
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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HC 0.081194 0.000000
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6 C3 0 0 0 1 1
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||||
3 C1A CC 0 4 0 1 1 0.580000 0.000000
|
||||
4 C2A CB 0 4 0 1 1 -0.280000 0.000000
|
||||
5 CAA CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
62HAA HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
73HAA HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
8 CBA CT 0 0 0 1 1 -0.200000 0.000000
|
||||
92HBA HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
103HBA HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
11 CGA C 0 1 0 1 1 0.350000 0.000000
|
||||
12 O1A O2 0 0 0 1 1 -0.575000 0.000000
|
||||
13 O2A O2 0 0 0 1 1 -0.575000 0.000000
|
||||
14 C3A CB 0 4 0 1 1 -0.280000 0.000000
|
||||
15 CMA CT 0 0 0 1 1 -0.150000 0.000000
|
||||
162HMA HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
173HMA HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
184HMA HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
19 C4A CC 0 4 0 1 1 0.580000 0.000000
|
||||
20 CHB CD 0 1 0 1 1 -0.640000 0.000000
|
||||
21 HHB HC 0 0 0 1 1 0.130000 0.000000
|
||||
22 C1B CC 0 4 0 1 1 0.580000 0.000000
|
||||
23 N B NO 0 0 0 1 1 -0.840000 0.000000
|
||||
24 C2B CB 0 4 0 1 1 -0.280000 0.000000
|
||||
25 CMB CT 0 0 0 1 1 -0.150000 0.000000
|
||||
262HMB HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
273HMB HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
284HMB HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
29 C3B CB 0 4 0 1 1 -0.280000 0.000000
|
||||
30 CAB CY 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
31 HVB HC 0 0 0 1 1 0.130000 0.000000
|
||||
32 CBB CX 0 0 0 1 1 -0.200000 0.000000
|
||||
332HV2 HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
343HV2 HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
35 C4B CC 0 4 0 1 1 0.580000 0.000000
|
||||
36 CHC CD 0 1 0 1 1 -0.640000 0.000000
|
||||
37 HHC HC 0 0 0 1 1 0.130000 0.000000
|
||||
38 C1C CC 0 4 0 1 1 0.580000 0.000000
|
||||
39 N C NP 0 0 0 1 1 -0.840000 0.000000
|
||||
40 C2C CB 0 4 0 1 1 -0.280000 0.000000
|
||||
41 CMC CT 0 0 0 1 1 -0.150000 0.000000
|
||||
422HMC HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
433HMC HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
444HMC HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
45 C3C CB 0 4 0 1 1 -0.280000 0.000000
|
||||
46 CAC CY 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
47 HVC HC 0 0 0 1 1 0.130000 0.000000
|
||||
48 CBC CX 0 0 0 1 1 -0.200000 0.000000
|
||||
492HV4 HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
503HV4 HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
51 C4C CC 0 4 0 1 1 0.580000 0.000000
|
||||
52 CHD CD 0 1 0 1 1 -0.640000 0.000000
|
||||
53 HHD HC 0 0 0 1 1 0.130000 0.000000
|
||||
54 C1D CC 0 4 0 1 1 0.580000 0.000000
|
||||
55 N D NO 0 0 0 1 1 -0.840000 0.000000
|
||||
56 C2D CB 0 4 0 1 1 -0.280000 0.000000
|
||||
57 CMD CT 0 0 0 1 1 -0.150000 0.000000
|
||||
582HMD HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
593HMD HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
604HMD HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
61 C3D CB 0 4 0 1 1 -0.280000 0.000000
|
||||
62 C4D CC 0 4 0 1 1 0.580000 0.000000
|
||||
63 CHA CD 0 1 0 1 1 -0.640000 0.000000
|
||||
64 HHA HC 0 0 0 1 1 0.130000 0.000000
|
||||
65 CAD CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
662HAD HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
673HAD HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
68 CBD CT 0 0 0 1 1 -0.200000 0.000000
|
||||
692HBD HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
703HBD HC 0 0 0 1 1 0.100000 0.000000
|
||||
71 CGD C 0 1 0 1 1 0.350000 0.000000
|
||||
72 O1D O2 0 0 0 1 1 -0.575000 0.000000
|
||||
73 O2D O2 0 0 0 1 1 -0.575000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 23
|
||||
1 39
|
||||
1 55
|
||||
2 3
|
||||
2 19
|
||||
3 4
|
||||
3 63
|
||||
4 5
|
||||
4 14
|
||||
5 6
|
||||
5 7
|
||||
5 8
|
||||
8 9
|
||||
8 10
|
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8 11
|
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11 12
|
||||
11 13
|
||||
14 15
|
||||
14 19
|
||||
15 16
|
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15 17
|
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15 18
|
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19 20
|
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20 21
|
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20 22
|
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22 23
|
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22 24
|
||||
23 35
|
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24 25
|
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24 29
|
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25 26
|
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25 27
|
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25 28
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29 30
|
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29 35
|
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30 31
|
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30 32
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32 34
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36 38
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38 40
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39 51
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40 41
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40 45
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41 44
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45 46
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45 51
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46 47
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46 48
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48 49
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48 50
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51 52
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52 54
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56 61
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57 60
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68 71
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71 73
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50
src/data/amber_q/HEP.frg
Normal file
50
src/data/amber_q/HEP.frg
Normal file
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@ -0,0 +1,50 @@
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# This is an automatically generated fragment file
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# Atom types and connectivity were derived from coordinates
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# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
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$HEP
|
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22 1 1 0
|
||||
HEP
|
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|
||||
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|
||||
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|
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|
||||
52H2 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
63H2 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
7 C3 CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
82H3 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
93H3 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
10 C4 CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
112H4 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
123H4 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
13 C5 CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
142H5 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
153H5 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
16 C6 CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
172H6 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
183H6 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
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19 C7 CT 0 0 0 1 1 -0.150000 0.000000
|
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202H7 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
213H7 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
224H7 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
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4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 7
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
10 11
|
||||
10 12
|
||||
10 13
|
||||
13 14
|
||||
13 15
|
||||
13 16
|
||||
16 17
|
||||
16 18
|
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16 19
|
||||
19 20
|
||||
19 21
|
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19 22
|
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271
src/data/amber_q/HEP.sgm
Normal file
271
src/data/amber_q/HEP.sgm
Normal file
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@ -0,0 +1,271 @@
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# This is an automatically generated segment file
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#
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4.600000
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22 21 39 51 0 0 1 1
|
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0.000000
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|
||||
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|
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|
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|
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33H1 0 0 0 1 1
|
||||
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|
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4 C2 0 0 0 1 1
|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
||||
CT -0.100000 0.000000
|
||||
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|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
93H3 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
10 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.100000 0.000000
|
||||
112H4 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
123H4 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
13 C5 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.100000 0.000000
|
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|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
153H5 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
16 C6 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.100000 0.000000
|
||||
172H6 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
183H6 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
19 C7 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.150000 0.000000
|
||||
202H7 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
213H7 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
224H7 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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4 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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6 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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7 7 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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8 7 9 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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9 7 10 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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10 10 11 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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11 10 12 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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12 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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13 13 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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14 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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15 13 16 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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16 16 17 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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17 16 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 16 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 19 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 19 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 19 22 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.134561 0.000000
|
||||
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|
||||
7 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.560263 0.000000
|
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|
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|
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|
||||
11 C4 CT 5 0 0 1 1 -0.836484 0.000000
|
||||
12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.429570 0.000000
|
||||
13 C5 CT 0 0 0 1 1 -0.033855 0.000000
|
||||
14 H5 H1 0 0 0 1 1 0.246413 0.000000
|
||||
15 C6 CT 0 0 0 1 1 0.209473 0.000000
|
||||
16 H6 H1 0 0 0 1 1 0.201307 0.000000
|
||||
17 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.639374 0.000000
|
||||
18 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.424900 0.000000
|
||||
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|
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|
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213H7 H1 0 0 0 1 1 0.004214 0.000000
|
||||
22 O7 OG 6 0 0 1 1 -0.357590 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
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1 4
|
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3 13
|
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4 5
|
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4 6
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4 8
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6 7
|
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8 9
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8 10
|
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8 11
|
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11 12
|
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11 13
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13 15
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15 17
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$HP3
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HP3
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|
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2 H1 H2 0 0 0 1 1 0.216044 0.000000
|
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3 OR OS 0 0 0 1 1 -0.229481 0.000000
|
||||
4 C2 CT 0 0 0 1 1 0.277637 0.000000
|
||||
5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.089495 0.000000
|
||||
6 O2 OH 0 0 0 1 1 -0.894528 0.000000
|
||||
7 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.594996 0.000000
|
||||
8 C3 CT 0 0 0 1 1 0.029277 0.000000
|
||||
9 H3 H1 0 0 0 1 1 0.136134 0.000000
|
||||
10 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.774477 0.000000
|
||||
11 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.501260 0.000000
|
||||
12 C4 CT 0 0 0 1 1 0.451101 0.000000
|
||||
13 H4 H1 0 0 0 1 1 0.070853 0.000000
|
||||
14 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.974205 0.000000
|
||||
15 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.572360 0.000000
|
||||
16 C5 CT 0 0 0 1 1 0.055923 0.000000
|
||||
17 H5 H1 0 0 0 1 1 0.029069 0.000000
|
||||
18 C6 CT 0 0 0 1 1 0.244883 0.000000
|
||||
19 H6 H1 0 0 0 1 1 0.089606 0.000000
|
||||
20 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.621510 0.000000
|
||||
21 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.412202 0.000000
|
||||
22 C7 CT 0 0 0 1 1 0.054009 0.000000
|
||||
232H7 H1 0 0 0 1 1 0.050176 0.000000
|
||||
243H7 H1 0 0 0 1 1 0.050176 0.000000
|
||||
25 O7 OH 0 0 0 1 1 -0.708732 0.000000
|
||||
26 HO7 HO 0 0 0 1 1 0.459681 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
3 16
|
||||
4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 8
|
||||
6 7
|
||||
8 9
|
||||
8 10
|
||||
8 12
|
||||
10 11
|
||||
12 13
|
||||
12 14
|
||||
12 16
|
||||
14 15
|
||||
16 17
|
||||
16 18
|
||||
18 19
|
||||
18 20
|
||||
18 22
|
||||
20 21
|
||||
22 23
|
||||
22 24
|
||||
22 25
|
||||
25 26
|
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47
src/data/amber_q/HP4.frg
Normal file
47
src/data/amber_q/HP4.frg
Normal file
|
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@ -0,0 +1,47 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$HP4
|
||||
20 1 1 0
|
||||
HP4
|
||||
1 C1 AC 0 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
2 O1 OG 3 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
3 OR OS 0 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
4 C2 CT 4 0 0 1 1 -0.050000 0.000000
|
||||
5 H2 H2 0 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
6 C3 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
7 H3 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
8 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
9 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
10 C4 CT 5 0 0 1 1 -0.050000 0.000000
|
||||
11 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
12 O4 OG 6 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
13 C5 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
14 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
15 C6 CT 7 0 0 1 1 -0.050000 0.000000
|
||||
16 H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
17 C7 CT 0 0 0 1 1 0.200000 0.000000
|
||||
182H7 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
193H7 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
20 H7 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
1 5
|
||||
3 13
|
||||
4 6
|
||||
4 7
|
||||
6 10
|
||||
6 11
|
||||
6 12
|
||||
8 9
|
||||
8 17
|
||||
10 13
|
||||
10 14
|
||||
13 15
|
||||
13 16
|
||||
15 17
|
||||
15 20
|
||||
17 18
|
||||
17 19
|
||||
245
src/data/amber_q/HP4.sgm
Normal file
245
src/data/amber_q/HP4.sgm
Normal file
|
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@ -0,0 +1,245 @@
|
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# This is an automatically generated segment file
|
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#
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4.600000
|
||||
20 20 35 45 0 0 1 1
|
||||
0.000000
|
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1 C1 0 0 0 1 1
|
||||
AC 0.466075 0.000000
|
||||
2 O1 3 0 0 1 1
|
||||
OG -0.079506 0.000000
|
||||
3 OR 0 0 0 1 1
|
||||
OS -0.455698 0.000000
|
||||
4 C2 4 0 0 1 1
|
||||
CT -0.157271 0.000000
|
||||
5 H2 0 0 0 1 1
|
||||
H2 -0.029617 0.000000
|
||||
6 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.108269 0.000000
|
||||
7 H3 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.167743 0.000000
|
||||
8 O3 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.608041 0.000000
|
||||
9 HO3 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.393759 0.000000
|
||||
10 C4 5 0 0 1 1
|
||||
CT -0.153131 0.000000
|
||||
11 H4 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.117228 0.000000
|
||||
12 O4 6 0 0 1 1
|
||||
OG -0.251176 0.000000
|
||||
13 C5 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.415204 0.000000
|
||||
14 H5 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.251985 0.000000
|
||||
15 C6 7 0 0 1 1
|
||||
CT 0.480601 0.000000
|
||||
16 H6 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.059996 0.000000
|
||||
17 C7 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.114932 0.000000
|
||||
182H7 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.089587 0.000000
|
||||
193H7 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.089587 0.000000
|
||||
20 H7 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.039746 0.000000
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 1 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 3 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 6 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 6 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 6 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 8 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 10 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 13 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 15 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 17 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 17 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 2 1 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 3 1 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 1 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 1 3 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 1 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 1 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 6 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 4 6 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 4 6 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 10 6 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 9 8 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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|
||||
20 13 10 14 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 3 13 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 10 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 10 13 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 13 15 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 17 15 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
30 8 17 15 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
34 15 17 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
35 18 17 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 4 1 3 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 5 1 3 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 2 1 4 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 2 1 4 7 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 3 1 4 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 3 1 4 7 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 5 1 4 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 5 1 4 7 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 1 3 13 15 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 1 3 13 16 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 1 4 6 10 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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16 7 4 6 10 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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17 7 4 6 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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18 7 4 6 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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19 4 6 10 13 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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20 4 6 10 14 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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21 11 6 10 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 11 6 10 14 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 12 6 10 13 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 12 6 10 14 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 9 8 17 15 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
26 9 8 17 18 0 0
|
||||
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|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 6 10 13 3 0 0
|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
31 14 10 13 3 0 0
|
||||
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|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
33 14 10 13 16 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
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|
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|
||||
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|
||||
37 10 13 15 20 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
38 16 13 15 17 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
39 16 13 15 20 0 0
|
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|
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40 13 15 17 8 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
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|
||||
42 13 15 17 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
43 20 15 17 8 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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45 20 15 17 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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65
src/data/amber_q/HP5.frg
Normal file
65
src/data/amber_q/HP5.frg
Normal file
|
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@ -0,0 +1,65 @@
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|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$HP5
|
||||
29 1 1 0
|
||||
HP5
|
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1 C1 AC 3 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
2 H1 H2 0 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
3 OR OS 0 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
4 C2 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
6 O2 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
7 HO2 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
8 C3 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
9 H3 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
10 O3 OG 4 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
11 C4 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
13 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
14 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
15 C5 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
16 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
17 C6 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
18 H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
19 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
20 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
21 C7 CT 0 0 0 1 1 0.200000 0.000000
|
||||
222H7 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
233H7 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
24 OE OS 0 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
25 C8 C 0 1 0 1 1 0.640000 0.000000
|
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262H8 H 0 0 0 1 1 0.270000 0.000000
|
||||
273H8 H 0 0 0 1 1 0.270000 0.000000
|
||||
28 O81 O 0 0 0 1 1 -0.570000 0.000000
|
||||
29 N8 N 0 1 0 1 1 -0.610000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
3 15
|
||||
4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 8
|
||||
6 7
|
||||
8 9
|
||||
8 10
|
||||
8 11
|
||||
11 12
|
||||
11 13
|
||||
11 15
|
||||
13 14
|
||||
15 16
|
||||
15 17
|
||||
17 18
|
||||
17 19
|
||||
17 21
|
||||
19 20
|
||||
21 22
|
||||
21 23
|
||||
21 24
|
||||
24 25
|
||||
25 28
|
||||
25 29
|
||||
26 29
|
||||
27 29
|
||||
373
src/data/amber_q/HP5.sgm
Normal file
373
src/data/amber_q/HP5.sgm
Normal file
|
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@ -0,0 +1,373 @@
|
|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
|
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4.600000
|
||||
29 29 50 74 2 0 1 1
|
||||
0.000000
|
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1 C1 3 0 0 1 1
|
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AC -0.013624 0.000000
|
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2 H1 0 0 0 1 1
|
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H2 0.199162 0.000000
|
||||
3 OR 0 0 0 1 1
|
||||
OS -0.284750 0.000000
|
||||
4 C2 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.006143 0.000000
|
||||
5 H2 0 0 0 1 1
|
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H1 0.212560 0.000000
|
||||
6 O2 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.726817 0.000000
|
||||
7 HO2 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.495603 0.000000
|
||||
8 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.110882 0.000000
|
||||
9 H3 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.101212 0.000000
|
||||
10 O3 4 0 0 1 1
|
||||
OG -0.317640 0.000000
|
||||
11 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.272880 0.000000
|
||||
12 H4 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.163223 0.000000
|
||||
13 O4 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.716518 0.000000
|
||||
14 HO4 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.403403 0.000000
|
||||
15 C5 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.009616 0.000000
|
||||
16 H5 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.157224 0.000000
|
||||
17 C6 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.093350 0.000000
|
||||
18 H6 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.130503 0.000000
|
||||
19 O6 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.696279 0.000000
|
||||
20 HO6 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.399562 0.000000
|
||||
21 C7 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.028925 0.000000
|
||||
222H7 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.144921 0.000000
|
||||
233H7 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.144921 0.000000
|
||||
24 OE 0 0 0 1 1
|
||||
OS -0.283339 0.000000
|
||||
25 C8 0 1 0 1 1
|
||||
C 0.484480 0.000000
|
||||
262H8 0 0 0 1 1
|
||||
H 0.311158 0.000000
|
||||
273H8 0 0 0 1 1
|
||||
H 0.311158 0.000000
|
||||
28 O81 0 0 0 1 1
|
||||
O -0.665550 0.000000
|
||||
29 N8 0 1 0 1 1
|
||||
N -0.457137 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 3 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 4 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 6 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 8 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 11 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 11 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 11 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 13 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 15 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 17 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 17 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 17 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 19 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 21 22 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 21 23 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 21 24 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 24 25 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
26 25 28 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
27 25 29 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 26 29 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 27 29 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 1 3 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 1 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 1 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 1 4 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 5 4 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 6 4 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 4 6 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 4 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 4 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 4 8 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 9 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 9 8 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 10 8 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 8 11 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 8 11 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 8 11 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 12 11 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 12 11 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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23 13 11 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 11 13 14 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 3 15 11 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
||||
26 3 15 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
27 3 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 11 15 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 11 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
30 16 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
31 15 17 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
32 15 17 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
33 15 17 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
34 18 17 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
35 18 17 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
36 19 17 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
37 17 19 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
38 17 21 22 0 0
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HPD
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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25 HO7 HO 0 0 0 1 1 0.444552 0.000000
|
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22 21 23
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HXO
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|
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|
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|
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|
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|
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102H4 HC 0 0 0 1 1 -0.007480 0.000000
|
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113H4 HC 0 0 0 1 1 -0.007480 0.000000
|
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12 C5 CT 0 0 0 1 1 0.032564 0.000000
|
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132H5 HC 0 0 0 1 1 -0.016282 0.000000
|
||||
143H5 HC 0 0 0 1 1 -0.016282 0.000000
|
||||
15 C6 CT 4 0 0 1 1 0.090772 0.000000
|
||||
162H6 HC 0 0 0 1 1 -0.045386 0.000000
|
||||
173H6 HC 0 0 0 1 1 -0.045386 0.000000
|
||||
1 2
|
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1 3
|
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3 4
|
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3 5
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3 6
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6 8
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6 9
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9 10
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9 11
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9 12
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12 14
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15 16
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15 17
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$IPS
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5 1 1 0
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IPS
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|
||||
2 O1 O2 0 0 0 1 1 -0.500000 0.000000
|
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3 O2 O2 0 0 0 1 1 -0.500000 0.000000
|
||||
4 O3 O2 0 0 0 1 1 -0.500000 0.000000
|
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5 O4 O2 0 0 0 1 1 -0.500000 0.000000
|
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1 2
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1 3
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||||
#
|
||||
$KD1
|
||||
26 1 1 0
|
||||
KD1
|
||||
1 C1 C 0 1 0 1 1 0.518979 0.000000
|
||||
2 O1 O 0 0 0 1 1 -0.508304 0.000000
|
||||
3 O OH 0 0 0 1 1 -0.279281 0.000000
|
||||
4 HO HO 0 0 0 1 1 0.360363 0.000000
|
||||
5 OR OS 0 0 0 1 1 -0.294817 0.000000
|
||||
6 C2 AC 3 0 0 1 1 0.036168 0.000000
|
||||
7 C3 CT 0 0 0 1 1 -0.154673 0.000000
|
||||
82H3 HC 0 0 0 1 1 0.125934 0.000000
|
||||
93H3 HC 0 0 0 1 1 0.125934 0.000000
|
||||
10 C4 CT 0 0 0 1 1 -0.065200 0.000000
|
||||
11 H4 H1 0 0 0 1 1 0.193700 0.000000
|
||||
12 C5 CT 0 0 0 1 1 0.020912 0.000000
|
||||
13 H5 H1 0 0 0 1 1 0.171043 0.000000
|
||||
14 C6 CT 0 0 0 1 1 -0.006439 0.000000
|
||||
15 H6 H1 0 0 0 1 1 0.128707 0.000000
|
||||
16 C7 CT 0 0 0 1 1 0.204488 0.000000
|
||||
17 H7 H1 0 0 0 1 1 0.150785 0.000000
|
||||
18 O7 OH 0 0 0 1 1 -0.696350 0.000000
|
||||
19 HO7 HO 0 0 0 1 1 0.472670 0.000000
|
||||
20 C8 CT 0 0 0 1 1 0.006360 0.000000
|
||||
212H8 H1 0 0 0 1 1 0.092572 0.000000
|
||||
223H8 H1 0 0 0 1 1 0.092572 0.000000
|
||||
23 O8 OH 0 0 0 1 1 -0.659409 0.000000
|
||||
24 HO8 HO 0 0 0 1 1 0.385334 0.000000
|
||||
25 O4 OG 4 0 0 1 1 -0.267058 0.000000
|
||||
26 O5 OG 5 0 0 1 1 -0.154990 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 6
|
||||
3 4
|
||||
5 6
|
||||
5 14
|
||||
6 7
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
10 11
|
||||
10 12
|
||||
10 25
|
||||
12 13
|
||||
12 14
|
||||
12 26
|
||||
14 15
|
||||
14 16
|
||||
16 17
|
||||
16 18
|
||||
16 20
|
||||
18 19
|
||||
20 21
|
||||
20 22
|
||||
20 23
|
||||
23 24
|
||||
59
src/data/amber_q/KD2.frg
Normal file
59
src/data/amber_q/KD2.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,59 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
#
|
||||
$KD2
|
||||
27 1 1 0
|
||||
KD2
|
||||
1 C1 C 0 1 0 1 1 0.547862 0.000000
|
||||
2 O1 O 0 0 0 1 1 -0.540830 0.000000
|
||||
3 O OH 0 0 0 1 1 -0.269611 0.000000
|
||||
4 HO HO 0 0 0 1 1 0.336841 0.000000
|
||||
5 OR OS 0 0 0 1 1 -0.338267 0.000000
|
||||
6 C2 CT 3 0 0 1 1 0.224276 0.000000
|
||||
7 C3 CT 0 0 0 1 1 -0.099141 0.000000
|
||||
82H3 HC 0 0 0 1 1 0.092366 0.000000
|
||||
93H3 HC 0 0 0 1 1 0.092366 0.000000
|
||||
10 C4 CT 0 0 0 1 1 -0.010965 0.000000
|
||||
11 H4 H1 0 0 0 1 1 0.109685 0.000000
|
||||
12 C5 CT 0 0 0 1 1 0.055712 0.000000
|
||||
13 H5 H1 0 0 0 1 1 -0.152967 0.000000
|
||||
14 O5 OH 0 0 0 1 1 -0.463618 0.000000
|
||||
15 HO5 HO 0 0 0 1 1 0.366899 0.000000
|
||||
16 C6 CT 0 0 0 1 1 -0.055565 0.000000
|
||||
17 H6 H1 0 0 0 1 1 0.278002 0.000000
|
||||
18 C7 CT 0 0 0 1 1 0.091959 0.000000
|
||||
19 H7 H1 0 0 0 1 1 0.178914 0.000000
|
||||
20 O7 OH 0 0 0 1 1 -1.022990 0.000000
|
||||
21 HO7 HO 0 0 0 1 1 0.766683 0.000000
|
||||
22 C8 CT 0 0 0 1 1 0.048311 0.000000
|
||||
232H8 H1 0 0 0 1 1 0.029467 0.000000
|
||||
243H8 H1 0 0 0 1 1 0.029467 0.000000
|
||||
25 O8 OH 0 0 0 1 1 -0.413185 0.000000
|
||||
26 HO8 HO 0 0 0 1 1 0.337109 0.000000
|
||||
27 O4 OG 4 0 0 1 1 -0.218780 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 6
|
||||
3 4
|
||||
5 6
|
||||
5 16
|
||||
6 7
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
10 11
|
||||
10 12
|
||||
10 27
|
||||
12 13
|
||||
12 14
|
||||
12 16
|
||||
14 15
|
||||
16 17
|
||||
16 18
|
||||
18 19
|
||||
18 20
|
||||
18 22
|
||||
20 21
|
||||
22 23
|
||||
22 24
|
||||
22 25
|
||||
25 26
|
||||
59
src/data/amber_q/KD3.frg
Normal file
59
src/data/amber_q/KD3.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,59 @@
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|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
#
|
||||
$KD3
|
||||
27 1 1 0
|
||||
KD3
|
||||
1 C1 C 0 1 0 1 1 1.044383 0.000000
|
||||
2 O1A O2 0 0 0 1 1 -0.935696 0.000000
|
||||
3 O1B O2 0 0 0 1 1 -0.935696 0.000000
|
||||
4 OR OS 0 0 0 1 1 -0.169597 0.000000
|
||||
5 C2 AC 3 0 0 1 1 0.172224 0.000000
|
||||
6 C3 CT 0 0 0 1 1 -0.256355 0.000000
|
||||
72H3 HC 0 0 0 1 1 0.125604 0.000000
|
||||
83H3 HC 0 0 0 1 1 0.125604 0.000000
|
||||
9 C4 CT 0 0 0 1 1 0.121398 0.000000
|
||||
10 H4 H1 0 0 0 1 1 0.084283 0.000000
|
||||
11 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.642891 0.000000
|
||||
12 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.436456 0.000000
|
||||
13 C5 CT 0 0 0 1 1 0.091253 0.000000
|
||||
14 H5 H1 0 0 0 1 1 -0.134499 0.000000
|
||||
15 O5 OH 0 0 0 1 1 -0.594336 0.000000
|
||||
16 HO5 HO 0 0 0 1 1 0.472890 0.000000
|
||||
17 C6 CT 0 0 0 1 1 -0.183187 0.000000
|
||||
18 H6 H1 0 0 0 1 1 0.123957 0.000000
|
||||
19 C7 CT 0 0 0 1 1 0.086963 0.000000
|
||||
20 H7 H1 0 0 0 1 1 0.184972 0.000000
|
||||
21 O7 OH 0 0 0 1 1 -0.332596 0.000000
|
||||
22 HO7 HO 0 0 0 1 1 0.099128 0.000000
|
||||
23 C8 CT 0 0 0 1 1 0.141777 0.000000
|
||||
242H8 H1 0 0 0 1 1 0.052594 0.000000
|
||||
253H8 H1 0 0 0 1 1 0.052594 0.000000
|
||||
26 O8 OH 0 0 0 1 1 -0.603639 0.000000
|
||||
27 HO8 HO 0 0 0 1 1 0.372412 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 5
|
||||
4 5
|
||||
4 17
|
||||
5 6
|
||||
6 7
|
||||
6 8
|
||||
6 9
|
||||
9 10
|
||||
9 11
|
||||
9 13
|
||||
11 12
|
||||
13 14
|
||||
13 15
|
||||
13 17
|
||||
15 16
|
||||
17 18
|
||||
17 19
|
||||
19 20
|
||||
19 21
|
||||
19 23
|
||||
21 22
|
||||
23 24
|
||||
23 25
|
||||
23 26
|
||||
26 27
|
||||
55
src/data/amber_q/KD4.frg
Normal file
55
src/data/amber_q/KD4.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,55 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$KD4
|
||||
24 1 1 0
|
||||
KD4
|
||||
1 C1 C 0 1 0 1 1 0.800000 0.000000
|
||||
2 O1 O2 0 0 0 1 1 -0.900000 0.000000
|
||||
3 O O2 0 0 0 1 1 -0.900000 0.000000
|
||||
4 OR OS 0 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
5 C2 AC 3 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
6 C3 CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
72H3 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
83H3 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
9 C4 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
10 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
11 O4 OG 4 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
12 C5 CT 5 0 0 1 1 -0.050000 0.000000
|
||||
13 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
14 C6 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
15 H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
16 C7 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
17 H7 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
18 O7 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
19 HO7 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
20 C8 CT 0 0 0 1 1 0.200000 0.000000
|
||||
212H8 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
223H8 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
23 O8 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
24 HO8 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 5
|
||||
4 5
|
||||
4 14
|
||||
5 6
|
||||
6 7
|
||||
6 8
|
||||
6 9
|
||||
9 10
|
||||
9 11
|
||||
9 12
|
||||
12 13
|
||||
12 14
|
||||
14 15
|
||||
14 16
|
||||
16 17
|
||||
16 18
|
||||
16 20
|
||||
18 19
|
||||
20 21
|
||||
20 22
|
||||
20 23
|
||||
23 24
|
||||
307
src/data/amber_q/KD4.sgm
Normal file
307
src/data/amber_q/KD4.sgm
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,307 @@
|
|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
|
||||
4.600000
|
||||
24 24 42 60 1 0 1 1
|
||||
0.000000
|
||||
1 C1 0 1 0 1 1
|
||||
C 0.473407 0.000000
|
||||
2 O1 0 0 0 1 1
|
||||
O2 -0.736704 0.000000
|
||||
3 O 0 0 0 1 1
|
||||
O2 -0.736704 0.000000
|
||||
4 OR 0 0 0 1 1
|
||||
OS -0.605275 0.000000
|
||||
5 C2 3 0 0 1 1
|
||||
AC 0.339543 0.000000
|
||||
6 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.018770 0.000000
|
||||
72H3 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.108290 0.000000
|
||||
83H3 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.108290 0.000000
|
||||
9 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.015472 0.000000
|
||||
10 H4 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.171605 0.000000
|
||||
11 O4 4 0 0 1 1
|
||||
OG -0.263850 0.000000
|
||||
12 C5 5 0 0 1 1
|
||||
CT -0.362258 0.000000
|
||||
13 H5 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.255752 0.000000
|
||||
14 C6 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.133148 0.000000
|
||||
15 H6 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.128242 0.000000
|
||||
16 C7 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.603049 0.000000
|
||||
17 H7 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.023453 0.000000
|
||||
18 O7 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.728146 0.000000
|
||||
19 HO7 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.466143 0.000000
|
||||
20 C8 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.001132 0.000000
|
||||
212H8 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.100000 0.000000
|
||||
223H8 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.100000 0.000000
|
||||
23 O8 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.728146 0.000000
|
||||
24 HO8 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.418623 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 5 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
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# Atomic partial charges are crude guestimations
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#
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$KD5
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KD5
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|
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3 O O2 0 0 0 1 1 -0.900000 0.000000
|
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|
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|
||||
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|
||||
72H3 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
83H3 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
9 C4 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
10 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
11 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
12 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
13 C5 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
14 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
15 O5 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
16 HO5 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
17 C6 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
18 H6 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
19 C7 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
20 H7 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
21 O7 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
22 HO7 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
23 C8 CT 0 0 0 1 1 0.200000 0.000000
|
||||
242H8 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
253H8 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
26 O8 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
27 HO8 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 5
|
||||
4 5
|
||||
4 17
|
||||
5 6
|
||||
6 7
|
||||
6 8
|
||||
6 9
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
44 14 13 17 18 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
45 14 13 17 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
46 15 13 17 4 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
47 15 13 17 18 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
48 15 13 17 19 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
49 4 17 19 20 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
50 4 17 19 21 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
51 4 17 19 23 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
52 13 17 19 20 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
53 13 17 19 21 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
54 13 17 19 23 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
55 18 17 19 20 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
56 18 17 19 21 0 0
|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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62 17 19 23 25 0 0
|
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|
||||
63 17 19 23 26 0 0
|
||||
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|
||||
64 20 19 23 24 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
65 20 19 23 25 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
66 20 19 23 26 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
67 21 19 23 24 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
68 21 19 23 25 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
69 21 19 23 26 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
72 25 23 26 27 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 5 3 1 2 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
43
src/data/amber_q/KDN.frg
Normal file
43
src/data/amber_q/KDN.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,43 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$KDN
|
||||
26 1 1 0
|
||||
KDN
|
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1 C1 C 0 1 0 1 1 1.257694 0.000000
|
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2 O1 O2 0 0 0 1 1 -1.011582 0.000000
|
||||
3 O O2 0 0 0 1 1 -1.011582 0.000000
|
||||
4 C2 AC 3 0 0 1 1 0.200039 0.000000
|
||||
5 C3 CT 0 0 0 1 1 0.076646 0.000000
|
||||
62H3 HC 0 0 0 1 1 -0.120006 0.000000
|
||||
73H3 HC 0 0 0 1 1 -0.120006 0.000000
|
||||
8 C4 CT 0 0 0 1 1 0.808356 0.000000
|
||||
9 H4 H1 0 0 0 1 1 -0.081409 0.000000
|
||||
10 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.777757 0.000000
|
||||
11 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.327976 0.000000
|
||||
12 C5 CT 5 0 0 1 1 -0.487865 0.000000
|
||||
13 H5 H1 0 0 0 1 1 0.138770 0.000000
|
||||
14 C6 CT 0 0 0 1 1 0.448428 0.000000
|
||||
15 H6 H1 0 0 0 1 1 -0.088631 0.000000
|
||||
16 OR OS 0 0 0 1 1 -0.653128 0.000000
|
||||
17 C7 CT 0 0 0 1 1 0.387545 0.000000
|
||||
18 H7 H1 0 0 0 1 1 -0.084796 0.000000
|
||||
19 O7 OH 0 0 0 1 1 -0.757907 0.000000
|
||||
20 HO7 HO 0 0 0 1 1 0.419274 0.000000
|
||||
21 C8 CT 0 0 0 1 1 0.632846 0.000000
|
||||
222H8 H1 0 0 0 1 1 -0.071639 0.000000
|
||||
233H8 H1 0 0 0 1 1 -0.071639 0.000000
|
||||
24 N8 N 0 0 0 1 1 -1.228155 0.000000
|
||||
252HN8 H 0 0 0 1 1 0.434264 0.000000
|
||||
263HN8 H 0 0 0 1 1 0.434264 0.000000
|
||||
1 4 5 8 12 14 16 4
|
||||
2 1 3
|
||||
6 5 7
|
||||
9 8 10 11
|
||||
12 13
|
||||
15 14 17 21 24
|
||||
18 17 19 20
|
||||
22 21 23
|
||||
25 24 26
|
||||
|
||||
61
src/data/amber_q/LCX.frg
Normal file
61
src/data/amber_q/LCX.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,61 @@
|
|||
# Charges from 6-31G* optimized B3LYP/DZVP structure
|
||||
# Using single-stage RESP fit
|
||||
#
|
||||
# esp
|
||||
# range 0.4; spacing 0.035; factor 1.0
|
||||
# constrain xhn 2 5 4 3
|
||||
# constrain xhn 10 13 12 11
|
||||
# constrain 0.7341 9
|
||||
# constrain -0.5894 14
|
||||
# constrain -0.3479 1
|
||||
# constrain 0.2747 6
|
||||
# constrain equal 30 31
|
||||
#
|
||||
$LCX
|
||||
23 1 1 0
|
||||
LCX
|
||||
1 N N 1 1 0 1 1 -0.347900 0.000000
|
||||
2 H2 H 0 0 0 1 1 0.274700 0.000000
|
||||
3 CA CT 0 0 0 1 1 -0.498102 0.000000
|
||||
4 HA H1 0 0 0 1 1 0.082916 0.000000
|
||||
5 C C 2 1 0 1 1 0.734100 0.000000
|
||||
6 O O 0 0 0 1 1 -0.589400 0.000000
|
||||
7 CB CT 0 0 0 1 1 0.707723 0.000000
|
||||
82HB HC 0 0 0 1 1 -0.197502 0.000000
|
||||
93HB HC 0 0 0 1 1 -0.115759 0.000000
|
||||
10 CG CT 0 0 0 1 1 -0.029147 0.000000
|
||||
112HG HC 0 0 0 1 1 0.002345 0.000000
|
||||
123HG HC 0 0 0 1 1 -0.058389 0.000000
|
||||
13 CD CT 0 0 0 1 1 -0.142735 0.000000
|
||||
142HD HC 0 0 0 1 1 -0.039196 0.000000
|
||||
153HD HC 0 0 0 1 1 0.062913 0.000000
|
||||
16 CE CT 0 0 0 1 1 0.727637 0.000000
|
||||
172HE H1 0 0 0 1 1 -0.139613 0.000000
|
||||
183HE H1 0 0 0 1 1 -0.165745 0.000000
|
||||
19 NZ NT 0 0 0 1 1 -0.921043 0.000000
|
||||
202HZ H 0 0 0 1 1 0.305925 0.000000
|
||||
21 CX C 0 1 0 1 1 1.074896 0.000000
|
||||
22 OX1 O2 0 0 0 1 1 -0.864312 0.000000
|
||||
23 OX2 O2 0 0 0 1 1 -0.864312 0.000000
|
||||
1 3
|
||||
1 2
|
||||
3 7
|
||||
3 5
|
||||
3 4
|
||||
5 6
|
||||
7 10
|
||||
7 9
|
||||
7 8
|
||||
10 13
|
||||
10 12
|
||||
10 11
|
||||
13 16
|
||||
13 15
|
||||
13 14
|
||||
16 19
|
||||
16 18
|
||||
16 17
|
||||
19 21
|
||||
19 20
|
||||
21 23
|
||||
21 22
|
||||
177
src/data/amber_q/LPO.sgm
Normal file
177
src/data/amber_q/LPO.sgm
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,177 @@
|
|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
|
||||
4.600000
|
||||
17 16 24 28 1 0 1 1
|
||||
0.000000
|
||||
1 C1 3 0 0 1 1
|
||||
CT 0.135769 0.000000
|
||||
22H1 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.053943 0.000000
|
||||
33H1 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.053943 0.000000
|
||||
4 C2 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.196572 0.000000
|
||||
5 H2 0 0 0 1 1
|
||||
H1 -0.018013 0.000000
|
||||
6 O2 0 0 0 1 1
|
||||
OS -0.536934 0.000000
|
||||
7 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.298340 0.000000
|
||||
82H3 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.007352 0.000000
|
||||
93H3 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.007352 0.000000
|
||||
10 O3 0 0 0 1 1
|
||||
OS -0.536934 0.000000
|
||||
11 C4 4 1 0 1 1
|
||||
C 0.834997 0.000000
|
||||
12 O4 0 0 0 1 1
|
||||
O -0.557784 0.000000
|
||||
13 C5 0 1 0 1 1
|
||||
C 0.834997 0.000000
|
||||
14 O5 0 0 0 1 1
|
||||
O -0.557784 0.000000
|
||||
15 C6 5 0 0 1 1
|
||||
CT -0.083934 0.000000
|
||||
162H6 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.036918 0.000000
|
||||
173H6 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.036918 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 6 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 7 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 7 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 11 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 13 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 15 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 1 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 1 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 1 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 5 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 6 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 4 6 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 4 7 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 4 7 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 4 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 8 7 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 8 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 9 7 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 7 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 10 11 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 6 13 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 6 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 14 13 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 13 15 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 13 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 16 15 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 4 5 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 6 0 0
|
||||
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|
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7 HN1 0 0 0 1 1
|
||||
H 0.339199 0.000000
|
||||
8 C21 0 1 0 1 1
|
||||
C 0.526703 0.000000
|
||||
9 O21 0 0 0 1 1
|
||||
O -0.498962 0.000000
|
||||
10 C22 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.038668 0.000000
|
||||
112H22 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.012889 0.000000
|
||||
123H22 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.012889 0.000000
|
||||
134H22 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.012889 0.000000
|
||||
14 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.075175 0.000000
|
||||
15 H3 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.159651 0.000000
|
||||
16 N2 0 1 0 1 1
|
||||
N2 -0.573006 0.000000
|
||||
17 HN2 0 0 0 1 1
|
||||
H 0.323228 0.000000
|
||||
18 C31 0 1 0 1 1
|
||||
CA 0.516886 0.000000
|
||||
19 N3 0 0 0 1 1
|
||||
N2 -0.695611 0.000000
|
||||
20 HN3 0 0 0 1 1
|
||||
H 0.328049 0.000000
|
||||
21 C32 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.124581 0.000000
|
||||
222H32 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.041527 0.000000
|
||||
233H32 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.041527 0.000000
|
||||
244H32 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.041527 0.000000
|
||||
25 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.365581 0.000000
|
||||
26 H4 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.069322 0.000000
|
||||
27 O4 0 0 0 1 1
|
||||
OH -0.794160 0.000000
|
||||
28 HO4 0 0 0 1 1
|
||||
HO 0.506517 0.000000
|
||||
29 C5 0 0 0 1 1
|
||||
CT 0.036427 0.000000
|
||||
30 H5 0 0 0 1 1
|
||||
H1 0.016186 0.000000
|
||||
31 C6 0 1 0 1 1
|
||||
C 0.776981 0.000000
|
||||
32 O61 0 0 0 1 1
|
||||
O2 -0.788073 0.000000
|
||||
33 O62 0 0 0 1 1
|
||||
O2 -0.788073 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 3 29 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 4 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 6 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 6 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 14 15 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 14 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 14 25 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 16 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 16 18 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 18 19 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 18 21 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 19 20 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 21 22 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 21 23 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 21 24 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
26 25 26 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
27 25 27 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 25 29 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 27 28 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
30 29 30 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
31 29 31 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
32 31 32 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
33 31 33 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
1 2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 2 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 1 3 29 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 1 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 1 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 1 4 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 5 4 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 6 4 14 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 4 6 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
12 4 6 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 7 6 8 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
14 6 8 9 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 6 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
16 9 8 10 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
17 8 10 11 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
18 8 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
19 8 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
20 11 10 12 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
21 11 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 12 10 13 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 4 14 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 4 14 25 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
26 15 14 16 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
27 15 14 25 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 16 14 25 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 14 16 17 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
41 23 21 24 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 3 1 4 5 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 3 1 4 6 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
8 3 1 4 14 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
9 1 3 29 25 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
10 1 3 29 30 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
11 1 3 29 31 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
13 1 4 6 8 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
15 5 4 6 8 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
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17 14 4 6 8 0 0
|
||||
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|
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|
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|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
22 5 4 14 16 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
23 5 4 14 25 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
24 6 4 14 15 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
25 6 4 14 16 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
26 6 4 14 25 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
28 4 6 8 10 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
29 7 6 8 9 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
31 6 8 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
34 9 8 10 11 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
35 9 8 10 12 0 0
|
||||
0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
||||
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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48 15 14 25 29 0 0
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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81 30 29 31 33 0 0
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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3 14 18 16 17 0 0
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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0 0.000000 0.00000E+00
|
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45
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Normal file
45
src/data/amber_q/MAN.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,45 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
#
|
||||
$MAN
|
||||
20 1 1 0
|
||||
MAN
|
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1 C1 AC 3 0 0 1 1 -0.162607 0.000000
|
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|
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3 C2 CT 0 0 0 1 1 -0.080535 0.000000
|
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4 H2 H1 0 0 0 1 1 0.173175 0.000000
|
||||
5 O2 OG 4 0 0 1 1 -0.079068 0.000000
|
||||
6 C3 CT 0 0 0 1 1 0.020952 0.000000
|
||||
7 H3 H1 0 0 0 1 1 0.156462 0.000000
|
||||
8 C4 CT 0 0 0 1 1 0.277312 0.000000
|
||||
9 H4 H1 0 0 0 1 1 0.055141 0.000000
|
||||
10 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.666790 0.000000
|
||||
11 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.440190 0.000000
|
||||
12 C5 CT 0 0 0 1 1 -0.000761 0.000000
|
||||
13 H5 H1 0 0 0 1 1 0.105583 0.000000
|
||||
14 OR OS 0 0 0 1 1 -0.246681 0.000000
|
||||
15 C6 CT 0 0 0 1 1 0.090569 0.000000
|
||||
162H6 H1 0 0 0 1 1 0.071777 0.000000
|
||||
173H6 H1 0 0 0 1 1 0.071777 0.000000
|
||||
18 O6 OH 0 0 0 1 1 -0.573637 0.000000
|
||||
19 HO6 HO 0 0 0 1 1 0.359359 0.000000
|
||||
20 O3 OG 5 0 0 1 1 -0.195069 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 14
|
||||
3 4
|
||||
3 5
|
||||
3 6
|
||||
6 7
|
||||
6 8
|
||||
6 20
|
||||
8 9
|
||||
8 10
|
||||
8 12
|
||||
10 11
|
||||
12 13
|
||||
12 14
|
||||
12 15
|
||||
15 16
|
||||
15 17
|
||||
15 18
|
||||
18 19
|
||||
16
src/data/amber_q/NH4.frg
Normal file
16
src/data/amber_q/NH4.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,16 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$NH4
|
||||
5 1 1 0
|
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NH4
|
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|
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|
||||
33H H 0 0 0 1 1 0.300000 0.000000
|
||||
44H H 0 0 0 1 1 0.300000 0.000000
|
||||
55H H 0 0 0 1 1 0.300000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
1 5
|
||||
13
src/data/amber_q/NTR.frg
Normal file
13
src/data/amber_q/NTR.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,13 @@
|
|||
# N-terminal cap fragment
|
||||
#
|
||||
$NTR
|
||||
6 1 1 0
|
||||
NTR
|
||||
1 C1 CT 0 0 0 1 1 -0.150000 0.000000
|
||||
22H1 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
33H1 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
44H1 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
5 C C 3 0 0 1 1 0.597300 0.000000
|
||||
6 O O 0 0 0 1 1 -0.597300 0.000000
|
||||
2 1 5 6
|
||||
3 1 4
|
||||
7
src/data/amber_q/Na.sgm
Normal file
7
src/data/amber_q/Na.sgm
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,7 @@
|
|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
|
||||
4.600000
|
||||
1 0 0 0 0 0 1 1
|
||||
0.000000
|
||||
1Na 0 0 0 1 1
|
||||
Na 1.000000 0.000000
|
||||
14
src/data/amber_q/O4P.frg
Normal file
14
src/data/amber_q/O4P.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,14 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
#
|
||||
$O4P
|
||||
5 1 1 0
|
||||
O4P
|
||||
1 P P 3 0 0 1 1 1.222551 0.000000
|
||||
2 OP1 OS 4 0 0 1 1 -0.275749 0.000000
|
||||
3 OP2 O2 0 0 0 1 1 -0.818353 0.000000
|
||||
4 OP3 O2 0 0 0 1 1 -0.818353 0.000000
|
||||
5 OP4 OS 5 0 0 1 1 -0.310096 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
1 5
|
||||
38
src/data/amber_q/PET.frg
Normal file
38
src/data/amber_q/PET.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,38 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$PET
|
||||
16 1 1 0
|
||||
PET
|
||||
1 C1 CT 3 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
22H1 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
33H1 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
4 C2 CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
52H2 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
63H2 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
7 C3 CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
82H3 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
93H3 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
10 C4 CT 0 0 0 1 1 -0.100000 0.000000
|
||||
112H4 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
123H4 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
13 C5 CT 0 0 0 1 1 -0.150000 0.000000
|
||||
142H5 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
153H5 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
164H5 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 7
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
10 11
|
||||
10 12
|
||||
10 13
|
||||
13 14
|
||||
13 15
|
||||
13 16
|
||||
187
src/data/amber_q/PET.sgm
Normal file
187
src/data/amber_q/PET.sgm
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,187 @@
|
|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
|
||||
4.600000
|
||||
16 15 27 33 0 0 1 1
|
||||
0.000000
|
||||
1 C1 3 0 0 1 1
|
||||
CT -0.026814 0.000000
|
||||
22H1 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.013407 0.000000
|
||||
33H1 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.013407 0.000000
|
||||
4 C2 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.100000 0.000000
|
||||
52H2 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
63H2 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
7 C3 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.100000 0.000000
|
||||
82H3 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
93H3 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
10 C4 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.100000 0.000000
|
||||
112H4 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
123H4 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
13 C5 0 0 0 1 1
|
||||
CT -0.150000 0.000000
|
||||
142H5 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
153H5 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
164H5 0 0 0 1 1
|
||||
HC 0.050000 0.000000
|
||||
1 1 2 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
2 1 3 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
3 1 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
4 4 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
5 4 6 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
6 4 7 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
||||
7 7 8 0 0
|
||||
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|
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34
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@ -0,0 +1,34 @@
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# This is an automatically generated fragment file
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#
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$PNT
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PNT
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
93H3 HC 0 0 0 1 1 -0.006990 0.000000
|
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10 C4 CT 0 0 0 1 1 0.012201 0.000000
|
||||
112H4 HC 0 0 0 1 1 -0.006101 0.000000
|
||||
123H4 HC 0 0 0 1 1 -0.006101 0.000000
|
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13 C5 CT 4 0 0 1 1 0.017278 0.000000
|
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142H5 HC 0 0 0 1 1 -0.008639 0.000000
|
||||
153H5 HC 0 0 0 1 1 -0.008639 0.000000
|
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1 2
|
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1 3
|
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1 4
|
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4 5
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4 6
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4 7
|
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7 10
|
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|
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10 13
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13 14
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13 15
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14
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Normal file
14
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@ -0,0 +1,14 @@
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# This is an automatically generated fragment file
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#
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$PO4
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5 1 1 0
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PO4
|
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|
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1 2
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2 3
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2 4
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2 5
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35
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35
src/data/amber_q/PO4.sgm
Normal file
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@ -0,0 +1,35 @@
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# This is an automatically generated segment file
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P 0.938933 0.000000
|
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3 OP2 0 0 0 1 1
|
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O2 -0.933153 0.000000
|
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4 OP3 0 0 0 1 1
|
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O2 -0.933153 0.000000
|
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5 OP4 0 0 0 1 1
|
||||
O2 -0.933153 0.000000
|
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1 1 2 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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2 2 3 0 0
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0.000000 0.00000E+00
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3 2 4 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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|
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0.000000 0.00000E+00
|
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1 1 2 3 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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2 1 2 4 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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3 1 2 5 0 0
|
||||
0.000000 0.00000E+00
|
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4 3 2 4 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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5 3 2 5 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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6 4 2 5 0 0
|
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0.000000 0.00000E+00
|
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22
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Normal file
22
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Normal file
|
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@ -0,0 +1,22 @@
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# This is an automatically generated fragment file
|
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#
|
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$PPO
|
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9 1 1 0
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||||
PPO
|
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|
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|
||||
3 O12 O2 0 0 0 1 1 -0.490521 0.000000
|
||||
4 O13 O2 0 0 0 1 1 -0.490521 0.000000
|
||||
5 O14 OS 0 0 0 1 1 -0.118311 0.000000
|
||||
6 P2 P 0 0 0 1 1 1.139199 0.000000
|
||||
7 O21 O2 0 0 0 1 1 -0.755746 0.000000
|
||||
8 O22 O2 0 0 0 1 1 -0.755746 0.000000
|
||||
9 O23 OS 4 0 0 1 1 -0.410738 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
2 3
|
||||
2 4
|
||||
2 5
|
||||
5 6
|
||||
6 7
|
||||
6 8
|
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6 9
|
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47
src/data/amber_q/RH2.frg
Normal file
47
src/data/amber_q/RH2.frg
Normal file
|
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@ -0,0 +1,47 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
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# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
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# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$RH2
|
||||
20 1 1 0
|
||||
RH2
|
||||
1 C1 AC 3 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
2 H1 H2 0 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
3 OR OS 0 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
4 C2 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
5 H2 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
6 O2 OG 4 0 0 1 1 -0.300000 0.000000
|
||||
7 C3 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
8 H3 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
9 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
10 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
11 C4 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
13 O4 OH 0 0 0 1 1 -0.490000 0.000000
|
||||
14 HO4 HO 0 0 0 1 1 0.190000 0.000000
|
||||
15 C5 CT 0 0 0 1 1 0.250000 0.000000
|
||||
16 H5 H1 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
17 C6 CT 0 0 0 1 1 -0.150000 0.000000
|
||||
182H6 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
193H6 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
204H6 HC 0 0 0 1 1 0.050000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
3 15
|
||||
4 5
|
||||
4 6
|
||||
4 7
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 11
|
||||
9 10
|
||||
11 12
|
||||
11 13
|
||||
11 15
|
||||
13 14
|
||||
15 16
|
||||
15 17
|
||||
17 18
|
||||
17 19
|
||||
17 20
|
||||
263
src/data/amber_q/RH2.sgm
Normal file
263
src/data/amber_q/RH2.sgm
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,263 @@
|
|||
# This is an automatically generated segment file
|
||||
#
|
||||
4.600000
|
||||
20 20 36 53 0 0 1 1
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|
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|
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|
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|
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8 H3 H1 0 0 0 1 1 0.089139 0.000000
|
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9 O3 OH 0 0 0 1 1 -0.613470 0.000000
|
||||
10 HO3 HO 0 0 0 1 1 0.429006 0.000000
|
||||
11 C4 CT 0 0 0 1 1 0.090177 0.000000
|
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12 H4 H1 0 0 0 1 1 0.199352 0.000000
|
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|
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|
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15 H5 H1 0 0 0 1 1 0.074855 0.000000
|
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16 OR OS 0 0 0 1 1 -0.233814 0.000000
|
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17 C6 CT 0 0 0 1 1 -0.204654 0.000000
|
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|
||||
193H6 HC 0 0 0 1 1 0.071728 0.000000
|
||||
204H6 HC 0 0 0 1 1 0.071728 0.000000
|
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|
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1 3
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3 7
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7 9
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|
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9 10
|
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|
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11 13
|
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|
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|
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14 16
|
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14 17
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SEP
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|
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2 H H 0 0 0 1 1 0.271900 0.000000
|
||||
3 CA CT 0 0 0 1 1 -0.824145 0.000000
|
||||
4 HA H1 0 0 0 1 1 0.402169 0.000000
|
||||
5 CB CT 0 0 0 1 1 1.255182 0.000000
|
||||
62HB H1 0 0 0 1 1 -0.181987 0.000000
|
||||
73HB H1 0 0 0 1 1 -0.252644 0.000000
|
||||
8 OG OS 0 0 0 1 1 -0.906468 0.000000
|
||||
9 C C 2 1 0 1 1 0.597300 0.000000
|
||||
10 O O 0 0 0 1 1 -0.567900 0.000000
|
||||
11 P P 0 0 0 1 1 1.848480 0.000000
|
||||
12 O1P O2 0 0 0 1 1 -1.082268 0.000000
|
||||
13 O2P O2 0 0 0 1 1 -1.078626 0.000000
|
||||
14 O3P O2 0 0 0 1 1 -1.065292 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
3 9
|
||||
3 4
|
||||
3 5
|
||||
5 8
|
||||
5 6
|
||||
5 7
|
||||
8 11
|
||||
9 10
|
||||
11 14
|
||||
11 12
|
||||
11 13
|
||||
16
src/data/amber_q/SO4.frg
Normal file
16
src/data/amber_q/SO4.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,16 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude guestimations
|
||||
#
|
||||
$SO4
|
||||
5 1 1 0
|
||||
SO4
|
||||
1 S S 0 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
2 O1 O2 0 0 0 1 1 -0.500000 0.000000
|
||||
3 O2 O2 0 0 0 1 1 -0.500000 0.000000
|
||||
4 O3 O2 0 0 0 1 1 -0.500000 0.000000
|
||||
5 O4 O2 0 0 0 1 1 -0.500000 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
1 4
|
||||
1 5
|
||||
41
src/data/amber_q/TPO.frg
Normal file
41
src/data/amber_q/TPO.frg
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,41 @@
|
|||
# This is an automatically generated fragment file
|
||||
# Atom types and connectivity were derived from coordinates
|
||||
# Atomic partial charges are crude estimates
|
||||
# 11/08/04 18:38:58
|
||||
#
|
||||
$TPO
|
||||
17 1 1 0
|
||||
TPO
|
||||
1 N N 1 1 0 1 1 -0.415700 0.000000
|
||||
2 H H 0 0 0 1 1 0.271900 0.000000
|
||||
3 CA CT 0 0 0 1 1 -0.639337 0.000000
|
||||
4 HA H1 0 0 0 1 1 0.123871 0.000000
|
||||
5 CB CT 0 0 0 1 1 1.565340 0.000000
|
||||
6 HB H1 0 0 0 1 1 -0.209754 0.000000
|
||||
7 CG2 CT 0 0 0 1 1 -0.680243 0.000000
|
||||
82HG2 HC 0 0 0 1 1 0.057615 0.000000
|
||||
93HG2 HC 0 0 0 1 1 0.044406 0.000000
|
||||
104HG2 HC 0 0 0 1 1 0.137305 0.000000
|
||||
11 OG1 OS 0 0 0 1 1 -0.897338 0.000000
|
||||
12 C C 2 1 0 1 1 0.597300 0.000000
|
||||
13 O O 0 0 0 1 1 -0.567900 0.000000
|
||||
14 O3 O2 0 0 0 1 1 -1.112264 0.000000
|
||||
15 O2 O2 0 0 0 1 1 -1.025128 0.000000
|
||||
16 O1 O2 0 0 0 1 1 -1.089571 0.000000
|
||||
17 P P 0 0 0 1 1 1.839497 0.000000
|
||||
1 2
|
||||
1 3
|
||||
3 4
|
||||
3 5
|
||||
3 12
|
||||
5 6
|
||||
5 7
|
||||
5 11
|
||||
7 8
|
||||
7 9
|
||||
7 10
|
||||
11 17
|
||||
12 13
|
||||
14 17
|
||||
15 17
|
||||
16 17
|
||||
219
src/data/amber_q/amber.par
Normal file
219
src/data/amber_q/amber.par
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,219 @@
|
|||
This is the AMBER96 user defined parameter file for NWChem 3.2 and ARGOS 7.0
|
||||
Electrostatic 1-4 scaling factor 0.833333
|
||||
Relative dielectric constant 1.000000
|
||||
Parameters epsilon R*
|
||||
Atoms
|
||||
Ne 20.17900 3.16779E-01 1.55006E-01 1 1111111111
|
||||
10 1.58389E-01 1.55006E-01 TPS000106 JCP 85, 6720-6727 (1986)
|
||||
Mg 24.30500 4.30952E-02 1.36000E-01 1 1111111111
|
||||
12 2.15476E-02 1.36000E-01 TPS000106 JCC 12, 1125-1128 (1991)
|
||||
Ca 40.08000 3.78520E-02 1.74000E-01 1 1111111111
|
||||
20 1.89260E-02 1.74000E-01 TPS000106 JCC 12, 1125-1128 (1991)
|
||||
Sr 87.62000 2.70286E-01 1.92000E-01 1 1111111111
|
||||
38 1.35143E-01 1.92000E-01 TPS000106 JCC 12, 1125-1128 (1991)
|
||||
Cl 35.45300 4.44950E-01 2.50000E-01 1 1111111111
|
||||
17 2.22475E-01 2.50000E-01
|
||||
CD 12.01100 3.59820E-01 1.90800E-01 1 1111111111
|
||||
6 1.79910E-01 1.90800E-01
|
||||
CY 12.01100 3.59820E-01 1.90800E-01 1 1111111111
|
||||
6 1.79910E-01 1.90800E-01
|
||||
CX 12.01100 3.59820E-01 1.90800E-01 1 1111111111
|
||||
6 1.79910E-01 1.90800E-01
|
||||
NO 14.00674 7.11283E-01 1.82400E-01 1 1111111111
|
||||
7 3.55641E-01 1.82400E-01
|
||||
NP 14.00674 7.11283E-01 1.82400E-01 1 1111111111
|
||||
7 3.55641E-01 1.82400E-01
|
||||
Cross
|
||||
Bonds
|
||||
FE -NO 0.20100 4.18400E+04
|
||||
FE -NP 0.20100 4.18400E+04
|
||||
CC -NP 0.13840 2.64429E+05
|
||||
CB -CC 0.14440 2.28446E+05
|
||||
CC -CD 0.13910 3.27189E+05
|
||||
CB -CT 0.15010 2.48530E+05
|
||||
HC -CD 0.10900 2.82838E+05
|
||||
CC -NO 0.13840 2.64429E+05
|
||||
CB -CY 0.15010 2.48530E+05
|
||||
HC -CY 0.10900 2.84512E+05
|
||||
CX -CY 0.13400 4.76976E+05
|
||||
HC -CX 0.10900 2.84512E+05
|
||||
AC -H2 0.10900 2.84512E+05 tps990729 copy CT-H2
|
||||
EC -H2 0.10900 2.84512E+05 tps990729 copy CT-H2
|
||||
C -OS 0.14100 2.67776E+05 tps990729 copy CT-OS
|
||||
C -AC 0.15220 2.65266E+05 tps990729 copy C-CT
|
||||
S -O2 0.14900 1.69566E+05 tps991219 for SO4-- taken from Smith
|
||||
Angles
|
||||
C -CT -OH 1.91114 4.18400E+02
|
||||
CB -CB -CC 1.86750 5.85760E+02
|
||||
CB -CB -CT 2.23751 5.85760E+02
|
||||
CB -CB -CY 2.23751 5.85760E+02
|
||||
CB -CC -CD 2.18864 5.85760E+02
|
||||
CB -CC -NO 1.92510 5.85760E+02
|
||||
CB -CC -NP 1.92510 5.85760E+02
|
||||
CD -CC -NO 2.19039 5.85760E+02
|
||||
CD -CC -NP 2.19039 5.85760E+02
|
||||
CC -CB -CT 2.17992 5.85760E+02
|
||||
CC -CB -CY 2.17992 5.85760E+02
|
||||
HC -CD -CC 2.05949 2.51040E+02
|
||||
CC -CD -CC 2.16595 5.85760E+02
|
||||
HC -CT -CB 1.91114 2.92880E+02
|
||||
CB -CT -CT 1.98968 5.27184E+02
|
||||
CT -CT -Cl 1.91986 3.55810E+02
|
||||
Cl -CT -Cl 1.94604 4.18600E+02
|
||||
HC -CX -HC 2.09440 2.92880E+02
|
||||
HC -CX -CY 2.09440 2.92880E+02
|
||||
HC -CY -CB 2.09440 2.92880E+02
|
||||
HC -CY -CX 2.09440 2.92880E+02
|
||||
CB -CY -CX 2.09440 5.85760E+02
|
||||
CC -NO -CC 1.83958 5.85760E+02
|
||||
CC -NO -FE 2.22355 2.51040E+02
|
||||
CC -NP -CC 1.83958 5.85760E+02
|
||||
CC -NP -FE 2.22355 2.51040E+02
|
||||
NB -FE -NO 1.57080 4.18400E+02
|
||||
NB -FE -NP 1.57080 4.18400E+02
|
||||
NO -FE -NO 1.57080 0.00000E+00
|
||||
NO -FE -NP 1.57080 4.18400E+02
|
||||
NP -FE -NP 1.57080 0.00000E+00
|
||||
N2 -CA -CT 2.09440 5.85760E+02 rdl000731 taken from N2-CA-N2
|
||||
CM -C -O2 2.04204 5.85760E+02 tps020326 taken from CT-C-O2
|
||||
CB -CT -S 2.00189 4.18400E+02 tps020326 taken from CT-CT-S
|
||||
CB -CT -H1 1.91114 4.18400E+02 tps020326 taken from CM-CT-H1
|
||||
H2 -AC -OS 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy H2-CT-OS
|
||||
H2 -AC -OG 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy H2-CT-OS
|
||||
H2 -EC -OG 1.91114 4.18400E+02 tps000315 copy H2-CT-OS
|
||||
H2 -EC -OS 1.91114 4.18400E+02 tps980817
|
||||
OS -AC -OS 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy CT-CT-OS
|
||||
OS -EC -OS 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy CT-CT-H2
|
||||
CT -AC -H2 1.91114 4.18400E+02 tps980817
|
||||
CT -EC -H2 1.91114 4.18400E+02 tps980817
|
||||
AC -CT -H1 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy CT-CT-H1
|
||||
EC -CT -H1 1.91114 4.18400E+02 tps980817
|
||||
AC -CT -N 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy CT-CT-N*
|
||||
EC -CT -N 1.91114 4.18400E+02 tps980817
|
||||
CT -OS -C 1.91114 5.02080E+02 tps990729 copy CT-OS-CT
|
||||
H1 -CT -OG 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy H1-CT-OS
|
||||
CT -OG -CT 1.91114 5.02080E+02 tps990729 copy CT-OS-CT
|
||||
AC -OS -P 2.10312 8.36800E+02 tps980817 copy CT-OS-P
|
||||
EC -OS -P 2.10312 8.36800E+02 tps980817
|
||||
OS -C -O 2.19911 6.69440E+02 tps980817
|
||||
CT -C -OS 2.04204 5.85760E+02 tps980817
|
||||
AC -C -O 2.10138 6.69440E+02 tps990729 copy CT-C-O
|
||||
AC -C -OH 2.04204 5.85760E+02 tps990729 copy CT-C-OH
|
||||
C -AC -OG 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy CT-CT-OS
|
||||
C -AC -OS 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy CT-CT-OS
|
||||
C -AC -CT 1.93906 5.27184E+02 tps990729 copy C-CT-CT
|
||||
OG -CT -C 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy OS-CT-CT
|
||||
OS -CT -C 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy OS-CT-CT
|
||||
OG -CT -OS 1.91114 4.18400E+02 tps990729 copy N*-CT-OS
|
||||
AC -C -O2 2.04204 5.85760E+02 tps990729 copy CT-C-O2
|
||||
OS -C -O2 2.19911 6.69440E+02 tps990729 copy O2-C-O2
|
||||
Proper dihedrals
|
||||
-NB -FE - 0.00000 0.00000E+02 2
|
||||
-NO -FE - 3.14159 0.00000E+02 2
|
||||
-NP -FE - 3.14159 0.00000E+02 2
|
||||
-CB -CC - 3.14159 3.29490E+00 2
|
||||
-CB -CT - 3.14159 0.00000E+00 2
|
||||
-CB -CY - 3.14159 0.00000E+00 2
|
||||
-CC -CD - 3.14159 8.26340E+00 2
|
||||
-CC -NO - 3.14159 5.96220E+00 2
|
||||
-CC -NP - 3.14159 5.96220E+00 2
|
||||
-CX -CY - 3.14159 3.13800E+01 2
|
||||
-C -OS - 3.14159 6.06680E+00 2 tps990729 copy -C-N*-
|
||||
-AC -OG - 0.00000 1.60387E+00 3 tps990729 copy -CT-OS-
|
||||
-EC -OG - 0.00000 1.60387E+00 3 tps000315 copy -CT-OS-
|
||||
C -AC -OG -CT 0.52360 1.58992E+00 -3 tps990729 copy CT-CT-OS-CT
|
||||
C -AC -OG -CT 3.14159 4.18400E-01 2 tps990729 copy CT-CT-OS-CT
|
||||
-C -AC - 0.00000 0.00000E+00 2 tps990729 copy -C-CT-
|
||||
CT -EC -N -H 0.00000 0.00000E+00 1
|
||||
CT -EC -OH -HO 0.00000 6.97333E-01 3
|
||||
Improper dihedrals
|
||||
- -CC -CC 3.14159 4.18400E+00 2
|
||||
- -CC -CB 3.14159 4.18400E+00 2
|
||||
- -CB -NP 3.14159 4.18400E+00 2
|
||||
- -CB -NO 3.14159 4.18400E+00 2
|
||||
- -CB -CY 3.14159 4.18400E+00 2
|
||||
- -CB -CT 3.14159 4.18400E+00 2
|
||||
- -CD -HC 3.14159 4.18400E+00 2
|
||||
- -N* -H 3.14159 4.50240E+00 2
|
||||
Atom types
|
||||
Li 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
#
|
||||
Na 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
#
|
||||
Mg 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
#
|
||||
K 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
#
|
||||
Ca 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
#
|
||||
Rb 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
#
|
||||
Sr 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
#
|
||||
Cl 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
O2 8 0 0 0 1 15 4 808 1808 800
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
#
|
||||
O2 8 0 0 0 1 15 4 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
#
|
||||
N 7 0 0 0 3 1 0 0 0 0
|
||||
15 4 0 0 0
|
||||
15 4 0 0 0
|
||||
#
|
||||
N3 7 0 0 0 3 6 4 0 0 0
|
||||
6 4 0 0 0
|
||||
6 4 0 0 0
|
||||
O2 8 0 0 0 1 16 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
|
||||
0 0 0 0 0
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S 16 0 0 0 4 8 0 0 0 0
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8 0 0 0 0
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8 0 0 0 0
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NB 7 0 0 0 3 1 0 0 0 0
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6 3 7 1 0
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6 3 6 6 0
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#
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CB 6 0 0 66 3 0 0 0 0 0
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0 0 0 0 0
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0 0 0 0 0
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#
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||||
N3 7 0 0 0 4 6 0 0 0 0
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||||
6 0 0 0 0
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||||
6 0 0 0 0
|
||||
N 7 0 0 0 3 6 4 6 6 1
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||||
6 4 6 6 1
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||||
1 1 0 0 0
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||||
#
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||||
# cation definitions
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#
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#
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CL 17 0 0 0 1 0 0 0 0 0
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0 0 0 0 0
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0 0 0 0 0
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#
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||||
#OG 8 0 0 0 2 6 4 0 0 0
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# 6 4 0 0 0
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# 0 0 0 0 0
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||||
End
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||||
#
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||||
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||||
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||||
14
src/data/amber_q/coc.frg
Normal file
14
src/data/amber_q/coc.frg
Normal file
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@ -0,0 +1,14 @@
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|||
# Fragment definition for crown ether fragment -CH2-O-CH2-
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||||
$coc
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||||
7 1 1 0
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||||
coc
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1 C1 CT 3 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
22H1 H1 0 0 0 1 1 0.150000 0.000000
|
||||
33H1 H1 0 0 0 1 1 0.150000 0.000000
|
||||
4 O OS 0 0 0 1 1 -0.600000 0.000000
|
||||
5 C2 CT 4 0 0 1 1 0.000000 0.000000
|
||||
62H2 H1 0 0 0 1 1 0.150000 0.000000
|
||||
73H2 H1 0 0 0 1 1 0.150000 0.000000
|
||||
1 4 5
|
||||
2 1 3
|
||||
6 5 7
|
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Some files were not shown because too many files have changed in this diff Show more
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