mirror of
https://github.com/cp2k/cp2k.git
synced 2026-07-29 06:35:28 -04:00
Add plan for motion sub-packages
svn-origin-rev: 14167
This commit is contained in:
Ole Schütt
parent
3e3fd71fbf
commit
0effc9f717
2 changed files with 191 additions and 176 deletions
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@ -2,32 +2,6 @@
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# exploring possible packages , can be listed here in python syntax
|
||||
#
|
||||
[
|
||||
{'dirname':'swarm',
|
||||
'requires': ['../common', "../mpiwrap", '../', '../input', '../motion', "../systemtypes", "../base"],
|
||||
'files': [
|
||||
"glbopt_master.F",
|
||||
"glbopt_worker.F",
|
||||
"glbopt_minhop.F",
|
||||
"glbopt_mincrawl.F",
|
||||
"glbopt_callback.F",
|
||||
"swarm.F",
|
||||
"swarm_input.F",
|
||||
"swarm_master.F",
|
||||
"swarm_message.F",
|
||||
"swarm_message_i4_1d.f90",
|
||||
"swarm_message_i4.f90",
|
||||
"swarm_message_i8_1d.f90",
|
||||
"swarm_message_i8.f90",
|
||||
"swarm_message__nametype_.instantiation",
|
||||
"swarm_message__nametype_.template",
|
||||
"swarm_message_r4_1d.f90",
|
||||
"swarm_message_r4.f90",
|
||||
"swarm_message_r8_1d.f90",
|
||||
"swarm_message_r8.f90",
|
||||
"swarm_message_str.f90",
|
||||
"swarm_mpi.F",
|
||||
"swarm_worker.F"]
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'dbcsrwrap',
|
||||
|
|
@ -51,15 +25,23 @@
|
|||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'tmc',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common", "../input", "../mpiwrap", "../systemtypes"],
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common", "../input", "../mpiwrap", "../systemtypes", "../fist"],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
|
||||
{'dirname':'start',
|
||||
'requires': ["../", "../acc", "../base", "../common", "../input", "../dbcsrwrap", "../cpdbcsr",
|
||||
"../pw", "../tmc", "../swarm", "../mpiwrap", "../vib", "../neb", "../motion",
|
||||
"../pint", "../dbcsrwrap"],
|
||||
"../pw", "../tmc", "../swarm", "../mpiwrap", "../dbcsrwrap", "../motion"],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'motion',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../fm", "../dbcsrwrap", "../systemtypes", "../qmmm", "../fist", "../qstypes",],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'swarm',
|
||||
"requires": ["../", "../common", "../mpiwrap", "../input", "../base", "../motion", "../qstypes", "../systemtypes", "../topology"],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
|
|
@ -187,16 +169,16 @@
|
|||
'requires': ["../base", "../common", "../mpiwrap", "../input", "../aobasis"],
|
||||
'files': ["cell_types.F",
|
||||
"particle_types.F",
|
||||
"particle_list_types.F",
|
||||
"mol_kind_new_list_types.F",
|
||||
"particle_list_types.F",
|
||||
"mol_kind_new_list_types.F",
|
||||
"cp_subsys_types.F",
|
||||
"virial_types.F",
|
||||
"atomic_kind_types.F", # due to dependencies more stuff follows
|
||||
"atomic_kind_list_types.F",
|
||||
"molecule_kind_types.F",
|
||||
"atomic_kind_list_types.F",
|
||||
"molecule_kind_types.F",
|
||||
"molecule_types_new.F",
|
||||
"mol_new_list_types.F",
|
||||
"multipole_types.F",
|
||||
"multipole_types.F",
|
||||
"cell_methods.F",
|
||||
"qmmm_ff_fist.F",
|
||||
#"soft_basis_set.F",
|
||||
|
|
@ -264,34 +246,34 @@
|
|||
"pw_env_types.F",
|
||||
"qs_rho_atom_types.F",
|
||||
"semi_empirical_store_int_types.F",
|
||||
"harris_env_types.F",
|
||||
"harris_env_types.F",
|
||||
"rt_propagation_types.F",
|
||||
"ga_environment_types.F",
|
||||
"qs_ks_qmmm_types.F",
|
||||
"mp2_types.F",
|
||||
"ewald_pw_types.F",
|
||||
"qmmm_types.F",
|
||||
"qs_local_rho_types.F",
|
||||
"kg_environment_types.F",
|
||||
"qs_matrix_pools.F",
|
||||
"qs_charges_types.F",
|
||||
"fist_nonbond_env_types.F",
|
||||
"ga_environment_types.F",
|
||||
"qs_ks_qmmm_types.F",
|
||||
"mp2_types.F",
|
||||
"ewald_pw_types.F",
|
||||
"qmmm_types.F",
|
||||
"qs_local_rho_types.F",
|
||||
"kg_environment_types.F",
|
||||
"qs_matrix_pools.F",
|
||||
"qs_charges_types.F",
|
||||
"fist_nonbond_env_types.F",
|
||||
"qs_rho0_types.F",
|
||||
"scp_environment_types.F",
|
||||
"qs_wf_history_types.F",
|
||||
"semi_empirical_types.F",
|
||||
"rel_control_types.F",
|
||||
"ewald_environment_types.F",
|
||||
"lri_environment_types.F",
|
||||
"cp_ddapc_types.F",
|
||||
"et_coupling_types.F",
|
||||
"ep_qs_types.F",
|
||||
"hartree_local_types.F",
|
||||
"qs_wf_history_types.F",
|
||||
"semi_empirical_types.F",
|
||||
"rel_control_types.F",
|
||||
"ewald_environment_types.F",
|
||||
"lri_environment_types.F",
|
||||
"cp_ddapc_types.F",
|
||||
"et_coupling_types.F",
|
||||
"ep_qs_types.F",
|
||||
"hartree_local_types.F",
|
||||
"semi_empirical_mpole_types.F",
|
||||
"atprop_types.F",
|
||||
"qs_linres_types.F",
|
||||
"dm_ls_scf_types.F",
|
||||
"qs_oce_types.F",
|
||||
"qs_linres_types.F",
|
||||
"dm_ls_scf_types.F",
|
||||
"qs_oce_types.F",
|
||||
"qs_diis_types.F",
|
||||
"qs_period_efield_types.F" ]
|
||||
},
|
||||
|
|
@ -384,124 +366,6 @@
|
|||
},
|
||||
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'vib',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../systemtypes"],
|
||||
'files': [
|
||||
"vibrational_analysis.F",
|
||||
"input_cp2k_vib.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'neb',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../motion", "../systemtypes"],
|
||||
'files': [
|
||||
"neb_io.F",
|
||||
"neb_md_utils.F",
|
||||
"neb_methods.F",
|
||||
"neb_opt_utils.F",
|
||||
"neb_types.F",
|
||||
"neb_utils.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'motion',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../fm", "../systemtypes"],
|
||||
'files': [
|
||||
# MC
|
||||
"tamc_run.F",
|
||||
"mc_control.F",
|
||||
"mc_coordinates.F",
|
||||
"mc_ensembles.F",
|
||||
"mc_environment_types.F",
|
||||
"mc_ge_moves.F",
|
||||
"mc_misc.F",
|
||||
"mc_move_control.F",
|
||||
"mc_moves.F",
|
||||
"mc_run.F",
|
||||
"mc_types.F",
|
||||
|
||||
# MD
|
||||
"md_run.F",
|
||||
"velocity_verlet_control.F",
|
||||
"md_vel_utils.F",
|
||||
"integrator.F",
|
||||
"md_util.F",
|
||||
"md_energies.F",
|
||||
"md_ener_types.F",
|
||||
"mdctrl_methods.F",
|
||||
"thermostat_types.F",
|
||||
"thermostat_methods.F",
|
||||
"thermostat_utils.F",
|
||||
"thermal_region_types.F",
|
||||
"thermal_region_utils.F",
|
||||
"simpar_methods.F",
|
||||
"reftraj_types.F",
|
||||
"reftraj_util.F",
|
||||
"barostat_types.F",
|
||||
"barostat_utils.F",
|
||||
"md_environment_types.F",
|
||||
"md_conserved_quantities.F",
|
||||
"integrator_utils.F",
|
||||
|
||||
# GEOPT
|
||||
"geo_opt.F",
|
||||
"gopt_f77_methods.F",
|
||||
"gopt_f77_methods.h",
|
||||
"gopt_f_methods.F",
|
||||
"gopt_f_types.F",
|
||||
"dimer_methods.F",
|
||||
"dimer_types.F",
|
||||
"dimer_utils.F",
|
||||
"bfgs_optimizer.F",
|
||||
"cg_optimizer.F",
|
||||
"cg_utils.F",
|
||||
"cp_lbfgs_optimizer_gopt.F",
|
||||
"cp_lbfgs_geo.F",
|
||||
"cp_lbfgs.F",
|
||||
"shell_opt.F",
|
||||
"cell_opt.F",
|
||||
"cell_opt_utils.F",
|
||||
"cell_opt_types.F",
|
||||
"gopt_param_types.F",
|
||||
|
||||
# MISC
|
||||
"csvr_system_dynamics.F",
|
||||
"csvr_system_mapping.F",
|
||||
"csvr_system_init.F",
|
||||
"free_energy_methods.F",
|
||||
"al_system_init.F",
|
||||
"al_system_dynamics.F",
|
||||
"al_system_mapping.F",
|
||||
"extended_system_init.F",
|
||||
"extended_system_dynamics.F",
|
||||
"extended_system_mapping.F",
|
||||
"averages_types.F",
|
||||
"wiener_process.F",
|
||||
"gle_system_dynamics.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'pint',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap", "../input", "../motion", "../systemtypes"],
|
||||
'files': [
|
||||
"pint_gle.F",
|
||||
"pint_io.F",
|
||||
"pint_methods.F",
|
||||
"pint_normalmode.F",
|
||||
"pint_public.F",
|
||||
"pint_staging.F",
|
||||
"pint_transformations.F",
|
||||
"pint_types.F",
|
||||
"helium_methods.F",
|
||||
"helium_sampling.F",
|
||||
"helium_interactions.F",
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
|
||||
{'dirname':'xc',
|
||||
|
|
|
|||
151
tools/pkg_plan_motion.txt
Normal file
151
tools/pkg_plan_motion.txt
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,151 @@
|
|||
#
|
||||
# exploring possible packages , can be listed here in python syntax
|
||||
#
|
||||
[
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'start',
|
||||
"requires": ["../", "../common", "../input", "../dbcsrwrap", "../pw", "../tmc",
|
||||
"../acc", "../base", "../mpiwrap", "../swarm",
|
||||
"../vib", "../geopt", "../pint", "../mc", "../md", "../neb", "../rt"] ,
|
||||
},
|
||||
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'swarm',
|
||||
"requires": ["../", "../common", "../mpiwrap", "../input", "../base", "../motion", "../md", "../geopt"],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'mc',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../fm", "../dbcsrwrap", "../motion", "../md", "../rt",],
|
||||
'files': [
|
||||
"tamc_run.F",
|
||||
"mc_control.F",
|
||||
"mc_coordinates.F",
|
||||
"mc_ensembles.F",
|
||||
"mc_environment_types.F",
|
||||
"mc_ge_moves.F",
|
||||
"mc_misc.F",
|
||||
"mc_move_control.F",
|
||||
"mc_moves.F",
|
||||
"mc_run.F",
|
||||
"mc_types.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'md',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../fm", "../dbcsrwrap", "../motion"],
|
||||
'files': [
|
||||
"md_run.F",
|
||||
"velocity_verlet_control.F",
|
||||
"md_vel_utils.F",
|
||||
"integrator.F",
|
||||
"md_util.F",
|
||||
"md_energies.F",
|
||||
"md_ener_types.F",
|
||||
"mdctrl_methods.F",
|
||||
"thermostat_types.F",
|
||||
"thermostat_methods.F",
|
||||
"thermostat_utils.F",
|
||||
"thermal_region_types.F",
|
||||
"thermal_region_utils.F",
|
||||
"simpar_methods.F",
|
||||
"reftraj_types.F",
|
||||
"reftraj_util.F",
|
||||
"barostat_types.F",
|
||||
"barostat_utils.F",
|
||||
"md_environment_types.F",
|
||||
"md_conserved_quantities.F",
|
||||
"integrator_utils.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'geopt',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../fm", "../dbcsrwrap", "../motion"],
|
||||
'files': [
|
||||
"geo_opt.F",
|
||||
"gopt_f77_methods.F",
|
||||
"gopt_f77_methods.h",
|
||||
"gopt_f_methods.F",
|
||||
"gopt_f_types.F",
|
||||
"dimer_methods.F",
|
||||
"dimer_types.F",
|
||||
"dimer_utils.F",
|
||||
"bfgs_optimizer.F",
|
||||
"cg_optimizer.F",
|
||||
"cg_utils.F",
|
||||
"cp_lbfgs_optimizer_gopt.F",
|
||||
"cp_lbfgs_geo.F",
|
||||
"cp_lbfgs.F",
|
||||
"shell_opt.F",
|
||||
"cell_opt.F",
|
||||
"cell_opt_utils.F",
|
||||
"cell_opt_types.F",
|
||||
"gopt_param_types.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'pint',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../fm", "../dbcsrwrap", "../motion"],
|
||||
'files': [
|
||||
"pint_gle.F",
|
||||
"pint_io.F",
|
||||
"pint_methods.F",
|
||||
"pint_normalmode.F",
|
||||
"pint_public.F",
|
||||
"pint_staging.F",
|
||||
"pint_transformations.F",
|
||||
"pint_types.F",
|
||||
"helium_methods.F",
|
||||
"helium_sampling.F",
|
||||
"helium_interactions.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'neb',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../fm", "../dbcsrwrap", "../motion", "../geopt", "../md"],
|
||||
'files': [
|
||||
"neb_io.F",
|
||||
"neb_md_utils.F",
|
||||
"neb_methods.F",
|
||||
"neb_opt_utils.F",
|
||||
"neb_types.F",
|
||||
"neb_utils.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'vib',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../fm", "../dbcsrwrap", "../motion"],
|
||||
'files': [
|
||||
"vibrational_analysis.F",
|
||||
"input_cp2k_vib.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
#============================================================================
|
||||
{'dirname':'rt',
|
||||
'requires': ["../", "../base", "../common","../mpiwrap","../input", "../fm", "../dbcsrwrap", "../aobasis", "../motion", "../md"],
|
||||
'files': [
|
||||
"rtp_admm_methods.F",
|
||||
"rt_delta_pulse.F",
|
||||
"rt_hfx_utils.F",
|
||||
"rt_make_propagators.F",
|
||||
"rt_matrix_exp_dbcsr.F",
|
||||
"rt_matrix_exp.F",
|
||||
"rt_propagation_methods.F",
|
||||
"rt_propagation_output.F",
|
||||
"rt_propagation_types.F",
|
||||
"rt_propagation_utils.F",
|
||||
"rt_propagator_init.F",
|
||||
"rt_propagation.F",
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
|
||||
]
|
||||
|
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