cp2k/tests/Fist/sample_psf/loop.psf
Teodoro Laino 1653374404 Here we go.. Let's start with free energy methods.. UI implementation..
One more regtest. Reorganization of themetadynamic section. now all free
energy method are contained in a main folder called free_energy.
Cleaning the regtest directory of fist, moving the xyz, pot and psf files
in correspondingly appropriate directories. few more work on free energy
calculations later on..


svn-origin-rev: 5732
2007-01-19 13:14:26 +00:00

503 lines
28 KiB
Text

PSF
1 !NTITLE
Conversion from AMBER PARMTOP ::ACE
130 !NATOM
1 MOL01 1 ACE HH31 HC 0.11230 1.00800 0
2 MOL01 1 ACE CH3 CT1 -0.36620 12.01000 0
3 MOL01 1 ACE HH32 HC 0.11230 1.00800 0
4 MOL01 1 ACE HH33 HC 0.11230 1.00800 0
5 MOL01 1 ACE C C1 0.59720 12.01000 0
6 MOL01 1 ACE O O1 -0.56790 16.00000 0
7 MOL01 2 CYS N N1 -0.39620 14.01000 0
8 MOL01 2 CYS H H11 0.29520 1.00800 0
9 MOL01 2 CYS CA CT2 -0.07350 12.01000 0
10 MOL01 2 CYS HA H12 0.14050 1.00800 0
11 MOL01 2 CYS CB CT3 -0.22140 12.01000 0
12 MOL01 2 CYS HB2 H13 0.14650 1.00800 0
13 MOL01 2 CYS HB3 H13 0.14650 1.00800 0
14 MOL01 2 CYS SG S -0.09530 32.06000 0
15 MOL01 2 CYS C C2 0.64300 12.01000 0
16 MOL01 2 CYS O O2 -0.58490 16.00000 0
17 MOL01 3 GLY N N2 -0.37430 14.01000 0
18 MOL01 3 GLY H H2 0.25400 1.00800 0
19 MOL01 3 GLY CA CT4 -0.12880 12.01000 0
20 MOL01 3 GLY HA2 H01 0.08890 1.00800 0
21 MOL01 3 GLY HA3 H01 0.08890 1.00800 0
22 MOL01 3 GLY C C3 0.58060 12.01000 0
23 MOL01 3 GLY O O3 -0.50920 16.00000 0
24 MOL01 4 GLY N N3 -0.37428 14.01000 0
25 MOL01 4 GLY H H3 0.25398 1.00800 0
26 MOL01 4 GLY CA CT5 -0.12884 12.01000 0
27 MOL01 4 GLY HA2 H02 0.08886 1.00800 0
28 MOL01 4 GLY HA3 H02 0.08886 1.00800 0
29 MOL01 4 GLY C C4 0.58058 12.01000 0
30 MOL01 4 GLY O O4 -0.50916 16.00000 0
31 MOL01 5 GLY N N3 -0.37428 14.01000 0
32 MOL01 5 GLY H H3 0.25398 1.00800 0
33 MOL01 5 GLY CA CT5 -0.12884 12.01000 0
34 MOL01 5 GLY HA2 H02 0.08886 1.00800 0
35 MOL01 5 GLY HA3 H02 0.08886 1.00800 0
36 MOL01 5 GLY C C4 0.58058 12.01000 0
37 MOL01 5 GLY O O4 -0.50916 16.00000 0
38 MOL01 6 GLY N N3 -0.37428 14.01000 0
39 MOL01 6 GLY H H3 0.25398 1.00800 0
40 MOL01 6 GLY CA CT5 -0.12884 12.01000 0
41 MOL01 6 GLY HA2 H02 0.08886 1.00800 0
42 MOL01 6 GLY HA3 H02 0.08886 1.00800 0
43 MOL01 6 GLY C C4 0.58058 12.01000 0
44 MOL01 6 GLY O O4 -0.50916 16.00000 0
45 MOL01 7 GLY N N3 -0.37428 14.01000 0
46 MOL01 7 GLY H H3 0.25398 1.00800 0
47 MOL01 7 GLY CA CT5 -0.12884 12.01000 0
48 MOL01 7 GLY HA2 H02 0.08886 1.00800 0
49 MOL01 7 GLY HA3 H02 0.08886 1.00800 0
50 MOL01 7 GLY C C4 0.58058 12.01000 0
51 MOL01 7 GLY O O4 -0.50916 16.00000 0
52 MOL01 8 GLY N N3 -0.37428 14.01000 0
53 MOL01 8 GLY H H3 0.25398 1.00800 0
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55 MOL01 8 GLY HA2 H02 0.08886 1.00800 0
56 MOL01 8 GLY HA3 H02 0.08886 1.00800 0
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59 MOL01 9 GLY N N3 -0.37428 14.01000 0
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121 MOL01 17 CYS HB3 H13 0.14650 1.00800 0
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130 MOL01 18 NME HH33 H14 0.09760 1.00800 0
130 !NBOND
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224 !NTHETA
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18 17 19 17 19 20 17 19 21
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24 26 28 36 38 39 35 33 36
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113 115 116 112 110 113 111 110 112
111 110 113 109 108 110 108 110 111
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120 119 121 120 119 122 118 117 119
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128 127 129 128 127 130 126 125 127
125 127 128 125 127 129 125 127 130
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2 5 7 16 15 17 15 17 19
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22 24 26 19 22 23 19 22 24
17 19 22 30 29 31 29 31 33
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59 61 64 72 71 73 71 73 75
68 71 72 68 71 73 66 68 71
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106 108 110 103 106 107 103 106 108
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110 113 114 110 113 115 108 110 113
124 123 125 123 125 127 119 117 123
117 119 122 117 123 124 117 123 125
115 117 119 115 117 123
484 !NPHI
6 5 7 8 6 5 7 8
5 7 9 10 4 2 5 6
4 2 5 6 4 2 5 7
3 2 5 6 3 2 5 6
3 2 5 6 3 2 5 7
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16 15 17 18 15 17 19 20
15 17 19 20 15 17 19 21
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