Added python utility to parse 3d voxel plot dump into silo file

src/utils/3draster.py

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+#!/usr/bin/env python 
+
+from __future__ import division
+
+import struct
+import sys
+
+import silomesh # https://github.com/nhorelik/silomesh/
+
+################################################################################
+def parse_options():
+  """Process command line arguments"""
+
+  from optparse import OptionParser
+  usage = r"""%prog [options] <3draster_file>"""
+  p = OptionParser(usage=usage)
+  p.add_option('-o', '--output', action='store', dest='output',
+             default='plot.silo', help='Path to output SILO file.')
+  parsed = p.parse_args()
+  if not parsed[1]:
+    p.print_help()
+    return parsed
+  return parsed
+
+################################################################################
+def main(file_, o):
+
+  print file_
+  fh = open(file_,'rb')
+  header = get_header(fh)
+  meshparms = header['dimension'] + header['lower_left'] + header['upper_right']
+  nx,ny,nz = meshparms[0], meshparms[1], meshparms[2]
+  
+  silomesh.init_silo(o.output)
+  silomesh.init_mesh('plot', *meshparms)
+  
+  silomesh.init_var("cell_or_mat_id")
+  
+  for x in range(1,nx+1):
+    sys.stdout.write(" {0}%\r".format(int(x/nx*100)))
+    sys.stdout.flush()
+    for y in range(1,ny+1):
+      for z in range(1,nz+1):
+        xm,ym,zm,id_ = get_int(fh, 4)
+        silomesh.set_value(float(id_), x, y, z)
+        if not x == xm or not y == ym or not z == zm:
+          raise Exception("mesh mismatch!")
+  print
+  silomesh.finalize_var()
+  silomesh.finalize_mesh()
+  silomesh.finalize_silo()  
+
+################################################################################
+def get_header(file_):
+  nx,ny,nz = get_int(file_, 3)
+  wx,wy,wz = get_double(file_, 3)
+  lx,ly,lz = get_double(file_, 3)
+  header = {'dimension':[nx,ny,nz], 'width':[wx,wy,wz], 'lower_left':[lx,ly,lz],
+            'upper_right': [lx+wx*nx,ly+wy*ny,lz+wz*nz]}
+  return header
+
+################################################################################
+def get_data(file_, n, typeCode, size):
+  return list(struct.unpack('={0}{1}'.format(n,typeCode),
+                            file_.read(n*size)))
+
+################################################################################
+def get_int(file_, n=1, path=None):
+  return get_data(file_, n, 'i', 4)
+
+################################################################################
+def get_double(file_, n=1, path=None):
+  return get_data(file_, n, 'd', 8)
+
+################################################################################
+if __name__ == '__main__':
+  (options, args) = parse_options()
+  if args:
+    main(args[0],options)