Change declaration order of maps used for vectors

If the destructor of an object tries to remove an entry from the map, there's no
guarantee it exists if the map has already been destroyed (because it was
declared after the vector of objects), resulting in a segfault. By declaring the
map first, we avoid this. Currently an issue for Nuclide, but potentially other
classes in the future.

include/openmc/cell.h

@@ -49,11 +49,11 @@ class Universe;
 class UniversePartitioner;
 
 namespace model {
-  extern std::vector<std::unique_ptr<Cell>> cells;
   extern std::unordered_map<int32_t, int32_t> cell_map;
+  extern std::vector<std::unique_ptr<Cell>> cells;
 
-  extern std::vector<std::unique_ptr<Universe>> universes;
   extern std::unordered_map<int32_t, int32_t> universe_map;
+  extern std::vector<std::unique_ptr<Universe>> universes;
 } // namespace model
 
 //==============================================================================

include/openmc/cross_sections.h

@@ -43,12 +43,12 @@ using LibraryKey = std::pair<Library::Type, std::string>;
 
 namespace data {
 
-//!< Data libraries
-extern std::vector<Library> libraries;
-
 //! Maps (type, name) to index in libraries
 extern std::map<LibraryKey, std::size_t> library_map;
 
+//!< Data libraries
+extern std::vector<Library> libraries;
+
 } // namespace data
 
 //==============================================================================

include/openmc/lattice.h

@@ -35,8 +35,8 @@ enum class LatticeType {
 class Lattice;
 
 namespace model {
-  extern std::vector<std::unique_ptr<Lattice>> lattices;
   extern std::unordered_map<int32_t, int32_t> lattice_map;
+  extern std::vector<std::unique_ptr<Lattice>> lattices;
 } // namespace model
 
 //==============================================================================

include/openmc/mesh.h

@@ -32,8 +32,8 @@ class Mesh;
 
 namespace model {
 
-extern std::vector<std::unique_ptr<Mesh>> meshes;
 extern std::unordered_map<int32_t, int32_t> mesh_map;
+extern std::vector<std::unique_ptr<Mesh>> meshes;
 
 } // namespace model
 

include/openmc/nuclide.h

@@ -138,8 +138,8 @@ extern double temperature_min;
 //! Maximum temperature in [K] that nuclide data is available at
 extern double temperature_max;
 
-extern std::vector<std::unique_ptr<Nuclide>> nuclides;
 extern std::unordered_map<std::string, int> nuclide_map;
+extern std::vector<std::unique_ptr<Nuclide>> nuclides;
 
 } // namespace data
 

include/openmc/plot.h

@@ -27,8 +27,8 @@ class Plot;
 
 namespace model {
 
-extern std::vector<Plot> plots; //!< Plot instance container
 extern std::unordered_map<int, int> plot_map; //!< map of plot ids to index
+extern std::vector<Plot> plots; //!< Plot instance container
 
 extern uint64_t plotter_prn_seeds[N_STREAMS]; // Random number seeds used for plotter
 extern int plotter_stream; // Stream index used by the plotter

include/openmc/surface.h

@@ -24,8 +24,8 @@ namespace openmc {
 class Surface;
 
 namespace model {
-  extern std::vector<std::unique_ptr<Surface>> surfaces;
   extern std::unordered_map<int, int> surface_map;
+  extern std::vector<std::unique_ptr<Surface>> surfaces;
 } // namespace model
 
 //==============================================================================

include/openmc/tallies/derivative.h

@@ -70,8 +70,8 @@ void score_track_derivative(Particle& p, double distance);
 namespace openmc {
 
 namespace model {
-extern std::vector<TallyDerivative> tally_derivs;
 extern std::unordered_map<int, int> tally_deriv_map;
+extern std::vector<TallyDerivative> tally_derivs;
 } // namespace model
 
 } // namespace openmc

include/openmc/thermal.h

@@ -23,8 +23,8 @@ namespace openmc {
 class ThermalScattering;
 
 namespace data {
-extern std::vector<std::unique_ptr<ThermalScattering>> thermal_scatt;
 extern std::unordered_map<std::string, int> thermal_scatt_map;
+extern std::vector<std::unique_ptr<ThermalScattering>> thermal_scatt;
 }
 
 //==============================================================================

src/cell.cpp

@@ -32,11 +32,11 @@ namespace openmc {
 //==============================================================================
 
 namespace model {
-  std::vector<std::unique_ptr<Cell>> cells;
   std::unordered_map<int32_t, int32_t> cell_map;
+  std::vector<std::unique_ptr<Cell>> cells;
 
-  std::vector<std::unique_ptr<Universe>> universes;
   std::unordered_map<int32_t, int32_t> universe_map;
+  std::vector<std::unique_ptr<Universe>> universes;
 } // namespace model
 
 //==============================================================================

src/cross_sections.cpp

@@ -34,8 +34,8 @@ namespace openmc {
 
 namespace data {
 
-std::vector<Library> libraries;
 std::map<LibraryKey, std::size_t> library_map;
+std::vector<Library> libraries;
 
 }
 

src/lattice.cpp

@@ -22,8 +22,8 @@ namespace openmc {
 //==============================================================================
 
 namespace model {
-  std::vector<std::unique_ptr<Lattice>> lattices;
   std::unordered_map<int32_t, int32_t> lattice_map;
+  std::vector<std::unique_ptr<Lattice>> lattices;
 }
 
 //==============================================================================

src/mesh.cpp

@@ -35,8 +35,8 @@ namespace openmc {
 
 namespace model {
 
-std::vector<std::unique_ptr<Mesh>> meshes;
 std::unordered_map<int32_t, int32_t> mesh_map;
+std::vector<std::unique_ptr<Mesh>> meshes;
 
 } // namespace model
 

src/nuclide.cpp

@@ -32,8 +32,8 @@ std::array<double, 2> energy_min {0.0, 0.0};
 std::array<double, 2> energy_max {INFTY, INFTY};
 double temperature_min {0.0};
 double temperature_max {INFTY};
-std::vector<std::unique_ptr<Nuclide>> nuclides;
 std::unordered_map<std::string, int> nuclide_map;
+std::vector<std::unique_ptr<Nuclide>> nuclides;
 } // namespace data
 
 //==============================================================================

src/plot.cpp

@@ -80,8 +80,8 @@ void PropertyData::set_overlap(size_t y, size_t x) {
 
 namespace model {
 
-std::vector<Plot> plots;
 std::unordered_map<int, int> plot_map;
+std::vector<Plot> plots;
 uint64_t plotter_seed = 1;
 
 } // namespace model

src/surface.cpp

@@ -23,8 +23,8 @@ namespace openmc {
 //==============================================================================
 
 namespace model {
-  std::vector<std::unique_ptr<Surface>> surfaces;
   std::unordered_map<int, int> surface_map;
+  std::vector<std::unique_ptr<Surface>> surfaces;
 } // namespace model
 
 //==============================================================================

src/tallies/derivative.cpp

@@ -18,8 +18,8 @@ namespace openmc {
 //==============================================================================
 
 namespace model {
-  std::vector<TallyDerivative> tally_derivs;
   std::unordered_map<int, int> tally_deriv_map;
+  std::vector<TallyDerivative> tally_derivs;
 }
 
 //==============================================================================

src/thermal.cpp

@@ -27,8 +27,8 @@ namespace openmc {
 //==============================================================================
 
 namespace data {
-std::vector<std::unique_ptr<ThermalScattering>> thermal_scatt;
 std::unordered_map<std::string, int> thermal_scatt_map;
+std::vector<std::unique_ptr<ThermalScattering>> thermal_scatt;
 }
 
 //==============================================================================